Wyniki wyszukiwania

Wynik wyszukiwania

1/190
Nr opisu: 0000135747
Heat shock response regulates stimulus-specificity and sensitivity of the pro-inflammatory NF-kB signalling.
[Aut.]: Anna Paszek, Małgorzata Kardyńska, J. Bagnall, Jarosław Śmieja, D. Spiller, P. Widłak, Marek Kimmel, W. Widlak, P. Paszek.
-Cell Commun. Signal. 2020 vol. 18, s. 1-20, bibliogr. 71 poz.. Impact Factor 4.344. Punktacja MNiSW 140.000

szok termiczny ; HSF1 ; sygnalizacja NF-kB ; sygnałosom IKK ; analizy pojedynczych komórek ; obrazowanie żywych komórek ; modelowanie matematyczne

heat-shock ; HSF1 ; NF-kB signalling ; IKK signalosome ; single-cell analyses ; live-cell imaging ; mathematical modelling

2/190
Nr opisu: 0000128509
A mathematical model as a tool to identify microRNAs with highest impact on transcriptome changes.
[Aut.]: Marzena* Mura, Roman Jaksik, Anna Lalik, K. Biernacki, Marek Kimmel, Joanna Rzeszowska-Wolny, Krzysztof Fujarewicz.
-BMC Genomics 2019 vol. 20, art. no. 114 s. 1-16, bibliogr. 78 poz.. Impact Factor 3.594. Punktacja MNiSW 140.000

miRNA ; interakcje miRNA-mRNA ; promieniowanie jonizujące ; czynnik stresogenny

miRNA ; miRNA-mRNA interactions ; ionizing radiation ; stressing factor

3/190
Nr opisu: 0000130615
Mathematical modelling reveals unexpected inheritance and variability patterns of cell cycle parameters in mammalian cells.
[Aut.]: M. Mura, C. Feillet, R. Bertolusso, F. Delaunay, Marek Kimmel.
-PLOS Comput. Biol. 2019 vol. 15 iss. 6, art. no. e1007054 s. 1-26, bibliogr. 61 poz.. Impact Factor 4.700. Punktacja MNiSW 140.000

4/190
Nr opisu: 0000128128
Mutation, drift and selection in single-driver hematologic malignancy: example of secondary myelodysplastic syndrome following treatment of inherited neutropenia.
[Aut.]: Tomasz Piotr* Wojdyła, H. Mehta, T. Glaubach, R. Bertolusso, Marta Iwanaszko, R. Braun, S. J. Corey, Marek Kimmel.
-PLOS Comput. Biol. 2019 vol. 15 iss. 1, art. no. e1006664 s. 1-22, bibliogr. 58 poz.. Impact Factor 4.700. Punktacja MNiSW 140.000

5/190
Nr opisu: 0000132789
Study of DNA replication origins based on somatic mutation patterns and dynamic programming.
[Aut.]: Roman Jaksik, D. Wheeler, Marek Kimmel.
W: XII Symposium of Polish Bioinformatics Society, Kraków, September 19-21, 2019. Book of abstracts. [B. m.] : [b.w.], 2019, s. 48

6/190
Nr opisu: 0000127870
The role of interventions in the cancer evolution - an evolutionary games approach.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Michał Krześlak, Damian Borys, Marek Kimmel.
-Math. Biosci. Eng. 2019 vol. 16 no. 1, s. 265-291, bibliogr. 37 poz.. Impact Factor 1.285. Punktacja MNiSW 70.000

model teoriogrowy ; gry ewolucyjne ; zasoby ; modelowanie nowotworów

game theory model ; evolutionary games ; resources ; cancer modelling

7/190
Nr opisu: 0000121698
Cell fate in antiviral response arises in the crosstalk of IRF, NF-κB and JAK/STAT pathways.
[Aut.]: M. Czerkies, Z. Korwek, W. Prus, M. Kochańczyk, J. Jaruszewicz-Błońska, K. Tudelska, S. Błoński, Marek Kimmel, A. R. Brasier, T. Lipniacki.
-Nature Commun. 2018 no. 9, art. nr 493 s. 1-14, bibliogr. 50 poz.. Impact Factor 11.878. Punktacja MNiSW 45.000

sieci sygnalizacji komórkowej ; odporność wrodzona ; sieci regulacyjne ; modelowanie stochastyczne

cellular signalling networks ; innate immunity ; regulatory networks ; stochastic modelling

8/190
Nr opisu: 0000127242
Extracting tumor growth and mutation histories from sequencing data.
[Aut.]: Marek Kimmel.
W: XXIInd Gliwice Scientific Meetings 2018, Gliwice, November 16-17, 2018. [B.m.] : [b.w.], 2018, s. 52

9/190
Nr opisu: 0000128538
Heavy-tailed distributions in branching process models of secondary cancerous tumors.
[Aut.]: P. A. Ernst, Marek Kimmel, Monika Kurpas, Q. Zhou.
-Adv. Appl. Probab. 2018 vol. 50 iss. A, s. 99-114, bibliogr. 11 poz.. Impact Factor 0.822. Punktacja MNiSW 25.000

proces gałązkowy ; komórki nowotworowe ; niejednorodność ; mutacja ; rozkład Yule'a-Simona

branching process ; cancer cells ; heterogeneity ; mutation ; Yule-Simon distribution ; heavy tail ; infinite moment

10/190
Nr opisu: 0000123300
Quantitative analysis reveals crosstalk mechanisms of heat shock-induced attenuation of NF-kB signaling at the single cell level.
[Aut.]: Małgorzata Kardyńska, A. Paszek, Jarosław Śmieja, D. Spiller, W. Widłak, M. R. H. White, P. Paszek, Marek Kimmel.
-PLOS Comput. Biol. 2018 vol. 14 iss. 4, art. no. e1006130 s. 1-25, bibliogr. 62 poz.. Impact Factor 3.955. Punktacja MNiSW 45.000

11/190
Nr opisu: 0000127520
The role of interventions in cancer evolution - evolutionary games approach.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Michał Krześlak, Damian Borys, Marek Kimmel.
W: Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania. T. 2. Pod red. Andrzeja Świerniaka i Jolanty Krystek. Gliwice : Wydaw. Politechniki Śląskiej, 2018, s. 213-214, bibliogr. 6 poz.. Punktacja MNiSW 20.000

12/190
Nr opisu: 0000114410
Coalescence computations for large samples drawn from populations of time-varying sizes.
[Aut.]: Andrzej Polański, Agnieszka Szczęsna, Mateusz* Garbulowski, Marek Kimmel.
-PLoS One 2017 vol. 12 iss. 2, e0170701, s. 1-22, bibliogr. 41 poz.. Impact Factor 2.766. Punktacja MNiSW 40.000

13/190
Nr opisu: 0000121898
Detection of DNA replication origins based on somatic mutations.
[Aut.]: Roman Jaksik, Marek Kimmel.
W: XXIst Gliwice Scientific Meetings 2017, Gliwice, November 17-18, 2017. [B.m.] : [b.w.], 2017, s. 93

14/190
Nr opisu: 0000122288
Evaluation of the system design method of analysis of the dynamical properties of non-linear systems.
[Aut.]: Wojciech Bensz, Marek Kimmel.
W: Proceedings of the twenty third National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine, Jugowice, 11-15 September 2017. Eds.: Urszula Foryś, Jarosław Śmieja. Institute of Automatic Control. Silesian University of Technology, Faculty of Mathematics, Informatics and Mechanics. Institute of Applied Mathematics and Mechanics. Gliwice : Institute of Automatic Control. Silesian University of Technology, 2017, s. 29-35, bibliogr. 10 poz.

15/190
Nr opisu: 0000121970
HSF1-mediated heat shock response regulates cytokine-specific NF-κB single-cell dynamics.
[Aut.]: A. Paszek, J. Bagnall, W. Widlak, M. White, P. Paszek, Marek Kimmel.
W: XXIst Gliwice Scientific Meetings 2017, Gliwice, November 17-18, 2017. [B.m.] : [b.w.], 2017, s. 137

16/190
Nr opisu: 0000114411
Irradiation with UV-C inhibits TNF-α-dependent activation of the NF-κB pathway in a mechanism potentially mediated by reactive oxygen species.
[Aut.]: K. Szoltysek, A. Walaszczyk, P. Janus, Marek Kimmel, P. Widlak.
-Genes to Cells 2017 vol. 22 iss. 1, s. 45-58, bibliogr. 57 poz.. Impact Factor 1.993. Punktacja MNiSW 25.000

17/190
Nr opisu: 0000119224
Multitype Bellman-Harris branching model provides biological predictors of early stages of adult hippocampal neurogenesis.
[Aut.]: B. Li, A. Sierra, J. J. Deudero, F. Semerci, A. Laitman, Marek Kimmel, M. Maletic-Savatic.
-BMC Syst. Biol. 2017 vol. 11 suppl. 5, art. no. 90, bibliogr. 43 poz.
Referat wygłoszony na: International Conference on Intelligent Biology and Medicine (ICIBM) 2016: Systems Biology. Impact Factor 2.050. Punktacja MNiSW 40.000

hipokamp ; neurogeneza dorosłych ; apoptoza ; modelowanie komputerowe

hippocampus ; adult neurogenesis ; apoptosis ; computational modeling ; multitype branching process

18/190
Nr opisu: 0000117366
Multitype infinite-allele branching processes in continuous time.
[Aut.]: T. O. McDonald, Marek Kimmel.
-J. Appl. Probab. 2017 vol. 54 iss. 2, s. 550-568, bibliogr. 18 poz.. Impact Factor 0.830. Punktacja MNiSW 20.000

multitype branching process ; infinite-allele model

19/190
Nr opisu: 0000114233
Changes of NF-k~~00B system dynamics during the heat shock response.
[Aut.]: Anna* Naumowicz, J. Bagnall, P. Paszek, M. White, W. Widłak, Marek Kimmel.
W: XXth Gliwice Scientific Meetings 2016, Gliwice, November 18-19, 2016 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2016, s. 74
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2016.pdf [dostęp 3 marca 2017]

20/190
Nr opisu: 0000115309
Chaos versus randomness in cell cycle dynamics: correlation dimension analysis.
[Aut.]: Marzena* Dołbniak, Marek Kimmel.
W: Applications of mathematics in biology and medicine. Proceedings of the twenty second national conference, Sandomierz, 5-9 September 2016. Krajowa Konferencja Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie. Ed. Katarzyna D. Lewandowska and Tadeusz Kosztołowicz. Kielce : lnstitute of Physics. Jan Kochanowski University, 2016, s. 31-38, bibliogr. 11 poz.

21/190
Nr opisu: 0000112214
Chronic infection depletes hematopoietic stem cells through stress-induced terminal differentiation.
[Aut.]: K. Matatall, M. Jeong, S. Chen, D. Sun, F. Chen, Q. Mo, Marek Kimmel, K. King.
-Cell Rep. 2016 vol. 17 iss. 10, s. 2584-2595, bibliogr.. Impact Factor 8.282. Punktacja MNiSW 40.000

komórka macierzysta hemopoezy ; zakażenie przewlekłe ; pancytopenia ; niewydolność szpiku kostnego ; różnicowanie terminalne

hematopoietic stem cell ; chronic infection ; pancytopenia ; bone marrow failure ; interferon gamma ; terminal differentiation ; interferon gamma

22/190
Nr opisu: 0000107691
Genetic demographic networks: mathematical model and applications.
[Aut.]: Marek Kimmel, Tomasz Piotr* Wojdyła.
-Theor. Popul. Biol. 2016 vol. 111, s. 75-86, bibliogr. 72 poz.. Impact Factor 1.613. Punktacja MNiSW 20.000

sieć demograficzna ; genealogia genów ; ekspansja rolnicza

demographic network ; gene genealogy ; farming expansion ; Neanderthals ; Cro-Magnoids ; Finns-Balts-Slavs history ; allele joint distribution

23/190
Nr opisu: 0000115342
Modeling inheritance of cell cycle characteristics in mammalian cells.
[Aut.]: Marzena* Dołbniak, C. Feillet, Marek Kimmel.
W: European Conference on Mathematical and Theoretical Biology. ECMTB 2016, Nottingham, 11-15 July 2016 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2016, s. 1

24/190
Nr opisu: 0000104541
On things not seen.
[Aut.]: Marek Kimmel.
W: Challenges in computational statistics and data mining. Ed. Stan Matwin, Jan Mielniczuk. Berlin : Springer International Publishing, 2016, s. 173-188, bibliogr. 24 poz. (Studies in Computational Intelligence ; vol. 605 1860-949X)

25/190
Nr opisu: 0000109919
Pre-selective and selective phase in tumor development.
[Aut.]: Marek Kimmel, Tomasz Piotr* Wojdyła.
W: International conference of numerical analysis and applied mathematics 2015. ICNAAM 2015, Rhodes, Greece, 22-28 September 2015. Ed. Theodore Simos, Charalambos Tsitouras. Melville : AIP Publishing, 2016, s. 320007-1-320007-4, bibliogr. 8 poz. (AIP Conference Proceedings ; vol. 1738 0094-243X)

proces gałązkowy ; dynamika raka ; mutacja inicjująca ; model Morana ; selekcja

branching process ; cancer dynamics ; driver mutation ; Moran model ; selection

26/190
Nr opisu: 0000114198
Simulation study of the connection between epithelial - mesenchymal transition and NF-κB pathway.
[Aut.]: Monika Kurpas, B. Tian, A. R. Brasier, Marek Kimmel.
W: XXth Gliwice Scientific Meetings 2016, Gliwice, November 18-19, 2016 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2016, s. 51
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2016.pdf [dostęp 2 marca 2017]

27/190
Nr opisu: 0000113807
Sloppy/stiff parameters rankings in sensitivity analysis of signaling pathways.
[Aut.]: Małgorzata Kardyńska, Jarosław Śmieja, Anna* Naumowicz, P. Janus, P. Widłak, Marek Kimmel.
W: 9th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies. BIOSTEC 2016, February 21-23, 2016, Rome, Italy. Proceedings. [Dokument elektroniczny]. Vol. 3, Bioinformatics. Eds.: James Gilbert, Haim Azhari, Hesham Ali, Carla Quintao, Jan Sliwa, Carolina Ruiz, Ana Fred and Hugo Gamboa. [B.m.] : SciTePress - Science and Technology Publications, 2016, dysk optyczny (CD-ROM) s. 278-283, bibliogr. 15 poz.

28/190
Nr opisu: 0000113785
System engineering approach to planning anticancer therapies.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Marek Kimmel, Jarosław Śmieja, Krzysztof Puszyński, Krzysztof Psiuk-Maksymowicz.
Cham : Springer, 2016, 198 s.

29/190
Nr opisu: 0000102812
A multitype infinite-allele branching process with applications to cancer evolution.
[Aut.]: T. O. McDonald, Marek Kimmel.
-J. Appl. Probab. 2015 vol. 52 iss. 3, s. 864-876, bibliogr. 12 poz.. Impact Factor 0.665. Punktacja MNiSW 20.000

tumorogeneza ; genetyka populacyjna

infinite-allele branching process ; modelling cancer evolution ; multitype BGW process ; population genetics ; tumorigenesis

30/190
Nr opisu: 0000106904
Analiza fenotypu mutatora związanego z polimerazą epsilon.
[Aut.]: Roman Jaksik, Marek Kimmel.
W: Śląskie Spotkania Naukowe. Ustroń, 15-17.05.2015 [online]. Stowarzyszenie na Rzecz Wspierania Badań nad Rakiem. [B.m.] : [b.w.], 2015, (plik pdf) s. 17
Dostępny w Internecie: http://www.biofarma.polsl.pl/images/pliki/II_SlaskieSpotkaniaNaukowe2015v2.pdf [dostęp 22 czerwca 2016]

fenotyp ; mutacja ; polimeraza epsilon

phenotype ; mutation ; polymerase epsilon

31/190
Nr opisu: 0000104032
Changes in cellular signaling after heat stress in MCF7 breast cancer cells.
[Aut.]: Anna* Naumowicz, A. Toma-Jonik, W. Widlak, Marek Kimmel.
W: XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015, Gliwice, November 20-21, 2015 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2015, (plik pdf) s. 120
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2015.pdf [dostęp 25 stycznia 2016]

32/190
Nr opisu: 0000099368
Computational method for modeling and testing of transcription factor binding sites.
[Aut.]: Marcin Pacholczyk, Karolina* Smolińska, Marek Kimmel.
W: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2015, Warsaw, Poland, April 12-14, 2015. Book of abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2015, s. 69

33/190
Nr opisu: 0000102377
Cross talk between cytokine and hyperthermia-induced pathways: identification of different subsets of NF-kB-dependent genes regulated by TNFα and heat shock.
[Aut.]: Patryk Janus, Tomasz* Stokowy, Roman Jaksik, K. Szołtysek, L. Handschuh, J. Podkowiński, W. Widlak, Marek Kimmel, P. Widlak.
-Mol. Genet. Genomics 2015 vol. 290 iss. 5, s. 1979-1990, bibliogr. 58 poz.. Impact Factor 2.622. Punktacja MNiSW 25.000

ChIP-seq ; HSF1 ; szok cieplny ; mikromacierz ; NF-kB ; miejsca wiązania czynnika transkrypcji

ChIP-seq ; HSF1 ; heat shock ; microarray ; NF-kB ; transcription factor binding

34/190
Nr opisu: 0000103987
Crosstalk between cytokine and hyperthermia induced pathways: identification of different subsets of NF-κB-dependent genes regulated by TNF-α and heat shock.
[Aut.]: Patryk Janus, T. Stokowy, Roman Jaksik, K. Szoltysek, L. Handschuh, J. Podkowiński, W. Widlak, Marek Kimmel, P. Widlak.
W: XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015, Gliwice, November 20-21, 2015 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2015, (plik pdf) s. 89
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2015.pdf [dostęp 25 stycznia 2016]

35/190
Nr opisu: 0000099268
Epigenetic regulation of cell cycle characteristics: Exploration of data and mathematical modeling.
[Aut.]: Marek Kimmel, Marzena* Dołbniak.
W: Cellular Heterogeneity. Role of Variability and Noise in Biological Decision-Making. EMBO/EMBL Symposium, Heidelberg, Germany, 15-18 April 2015. [B.m.] : [b.w.], 2015, s. 95

36/190
Nr opisu: 0000104672
In silico analysis of interactions between NFkB and HSF pathways.
[Aut.]: Jarosław Śmieja, Małgorzata Kardyńska, Anna* Naumowicz, Patryk Janus, P. Widlak, Marek Kimmel.
W: 6th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms,. BIOINFORMATICS 2015, Lisbon, Portugal, 12 January 2015 through 15 January 2015. Eds.: Sinoquet C., Pastor O., Gamboa H., Fred A., Elias D.. [B.m.] : SCITEPRESS, 2015, s. 201-206, bibliogr. 25 poz.

szok termiczny ; HSF ; HSP ; NFKB ; szlak sygnałowy

heat shock ; HSF ; HSP ; NFKB ; signalling pathway

37/190
Nr opisu: 0000113799
Infinite-allele branching process in the evolution of the myelodysplastic syndrome.
[Aut.]: Tomasz Piotr* Wojdyła, H. Mehta, T. McDonald, Marek Kimmel, S. Corey.
-Leukemia Res. 2015 vol. 39, suppl. 1, S17, bibliogr. 5 poz.
Referat wygłoszony na: 13th International Symposium on Myelodysplastic Syndromes (MDS), 29 April 2015 - 02 May 2015. Impact Factor 2.606. Punktacja MNiSW 25.000

38/190
Nr opisu: 0000101688
Microarray experiments and factors which affect their reliability.
[Aut.]: Roman Jaksik, Marta Iwanaszko, Joanna Rzeszowska-Wolny, Marek Kimmel.
-Biol. Direct 2015 vol. 10, art. no. 46, bibliogr. 103 poz.. Impact Factor 3.016. Punktacja MNiSW 35.000

mikromacierz ; wstępne przetwarzanie danych mikromacierzy ; kontrola jakości ; profilowanie transkryptomu ; odchylenie pomiaru

microarray ; microarray pre-processing ; quality control ; transcriptome profiling ; measurement bias

39/190
Nr opisu: 0000102560
Modeling epigenetic regulation of PRC1 protein accumulation in the cell cycle.
[Aut.]: Marzena* Dołbniak, Marek Kimmel, Jarosław Śmieja.
-Biol. Direct 2015 vol. 10, art. no. 62, bibliogr. 29 poz.. Impact Factor 3.016. Punktacja MNiSW 35.000

cykl komórkowy ; model matematyczny ; dynamika ; wahania ; proteina PRC1

cell cycle ; mathematical model ; dynamics ; fluctuations ; PRC1 protein

40/190
Nr opisu: 0000103947
Modeling lung cancer drivers based on the cancer genome atlas data.
[Aut.]: Marek Kimmel.
W: XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015, Gliwice, November 20-21, 2015 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2015, (plik pdf) s. 23
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2015.pdf [dostęp 25 stycznia 2016]

41/190
Nr opisu: 0000103983
Mutator phenotype and the origins of replication.
[Aut.]: M. Jaksik, Marek Kimmel.
W: XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015, Gliwice, November 20-21, 2015 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2015, (plik pdf) s. 87
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2015.pdf [dostęp 25 stycznia 2016]

42/190
Nr opisu: 0000100129
NF-kB and IRF pathways: cross-regulation on target genes promoter level.
[Aut.]: Marta Iwanaszko, Marek Kimmel.
-BMC Genomics 2015 vol. 16, art. nr 307 s. 1-8, bibliogr. 38 poz.. Impact Factor 3.867. Punktacja MNiSW 40.000

NF-kB ; IRF3 ; czynnik transkrypcyjny ; przesłuch ; nieswoista odpowiedź odpornościowa

NF-kB ; IRF3 ; transcription factor ; crosstalk ; innate immune response

43/190
Nr opisu: 0000103953
Role of reactive oxygen species in crosstalk between UV and cytokine activated signaling.
[Aut.]: K. Szołtysek, A. Walaszczyk, Patryk Janus, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015, Gliwice, November 20-21, 2015 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2015, (plik pdf) s. 49
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2015.pdf [dostęp 25 stycznia 2016]

44/190
Nr opisu: 0000113808
Stochastic population genetics modeling of the evolution of the myelodysplastic syndrome.
[Aut.]: Tomasz Piotr* Wojdyła, H. Mehta, T. Glaubach, T. McDonald, S. J. Corey, Marek Kimmel.
-Cancer Res. 2015 vol. 75, suppl. 2 iss. 22, B2-50, bibliogr. 5 poz.
Zawiera materiały z: AACR Special Conference: Computational and Systems Biology of Cancer, February 8-11, 2015, San Francisco, CA. Impact Factor 8.556. Punktacja MNiSW 45.000

45/190
Nr opisu: 0000102807
The crosstalk between NF-kB-dependent and HSF1-dependent pathways in response to heat shock.
[Aut.]: Anna* Naumowicz, J. Korfanty, A. Toma-Jonik, W. Widlak, Marek Kimmel.
-FEBS J. 2015 vol. 282 suppl. 1, s. 305
Streszczenie referatu wygłoszonego na: 40th FEBS Congress. The biochemical basis of life, Berlin, Germany, July 4-9, 2015. Punktacja MNiSW 30.000

46/190
Nr opisu: 0000106868
Variability in cell cycle regulation between cells from one lineage.
[Aut.]: Marzena* Dołbniak, C. Feillet, Marek Kimmel.
W: XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015, Gliwice, November 20-21, 2015 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2015, (plik pdf) s. 70, bibliogr. 5 poz.
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2015.pdf [dostęp 20 czerwca 2016]

47/190
Nr opisu: 0000099633
Application of the stochastic Moran model of population genetics to understanding the timing of a driver mutation in Myelodysplastic Syndrome (MDS).
[Aut.]: Tomasz Piotr* Wojdyła, T. Glaubach, S. Corey, Marek Kimmel.
W: Proceedings of the 19th IFAC World Congress, Cape Town, South Africa, August 24-29, 2014 [online]. Ed. Edward Boje, Xiaohua Xia. Oxford : Elsevier, 2014, (plik pdf) s. 11542-11546, bibliogr. 30 poz. (IFAC Proceedings Volumes ; vol. 47, iss. 3 1474-6670)
Dostępny w Internecie: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1474667016434518 [dostęp 12 października 2016]

ciężka wrodzona neutropenia ; zespół mielodysplastyczny ; ostra białaczka szpikowa ; proces gałązkowy ; model Morana ; mutacje kierujące ; ewolucja klonalna

severe congenital neutropenia ; myelodysplastic syndrome ; acute myeloid leukemia ; branching process ; Moran model ; driver mutations ; clonal evolution

48/190
Nr opisu: 0000096591
Changes in heat shock duration influence regulatory schemes of HSF1 activity.
[Aut.]: Marta Iwanaszko, Patryk Janus, Tomasz* Stokowy, P. Widłak, Marek Kimmel.
W: IWBBIO 2014. International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, Granada, April, 7-9 2014. Proceedings. Vol. 1. Eds. Francisco Ortuno, Ignacio Rojas. [B.m.] : [b.w.], 2014, s. 707-714, bibliogr. 22 poz.

HSF1 ; HSF ; szok cieplny ; regulacja genów ; odcinek promotorowy ; czynnik transkrypcyjny

HSF1 ; HSF ; heat shock ; gene regulation ; promoter region ; transcription factor

49/190
Nr opisu: 0000088348
Comparison of connectionist and rough set based knowledge discovery methods in search for selection in genes implicated in human familial cancer.
[Aut.]: Krzysztof Cyran, Marek Kimmel.
W: Man-machine interactions 3. Eds: Aleksandra Gruca, Tadeusz Czachórski, Stanislaw Kozielski. Berlin : Springer, 2014, s. 163-171, bibliogr. 19 poz. (Advances in Intelligent Systems and Computing ; vol. 242 2194-5357)

uczenie maszynowe ; metoda koneksjonistyczna ; metoda oparta na regułach ; zbiory przybliżone ; sieć neuronowa ; dobór naturalny ; geny raka

machine learning ; connectionist method ; rule-based method ; rough sets ; neural network ; natural selection ; cancer genes

50/190
Nr opisu: 0000096596
Computational approach for modeling and testing NF-kB binding sites.
[Aut.]: Marcin Pacholczyk, Karolina* Smolińska, Marta Iwanaszko, Marek Kimmel.
W: IWBBIO 2014. International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, Granada, April, 7-9 2014. Proceedings. Vol. 2. Eds. Francisco Ortuno, Ignacio Rojas. [B.m.] : [b.w.], 2014, s. 1338-1346, bibliogr. 18 poz.

TFBS ; PWK Konkurencyjna Polska ; NF-kB

TFBS ; PWM ; NF-kB

51/190
Nr opisu: 0000096325
Crosstalk between hyperthermia-activated HSF1 and expression of NF-κB-regulated genes.
[Aut.]: Patryk Janus, Tomasz* Stokowy, R. Jaksik, L. Handschuh, K. Szołtysek, Marek Kimmel, P. Widlak.
W: XVIIIth Gliwice Scientific Meetings, November 21-22, 2014 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2014, s. 84
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2014.pdf [dostęp 14 kwietnia 2020]

52/190
Nr opisu: 0000113838
Development of multi-null-hypotheses method for detection of selective forces at molecular level in evolution of human genes involved in DNA-repair mechanism impaired in cancer progression.
[Aut.]: Krzysztof Cyran, Marek Kimmel.
-IFAC-PapersOnLine 2014 vol. 47 iss. 3, s. 11547-11552, bibliogr. 29 poz.
Referat wygłoszony na: 19th World Congress The International Federation of Automatic Control Cape Town, South Africa. August 24-29, 2014. Punktacja MNiSW 5.000

bioinformatyka ; integracja danych ; geny raka ; ewaluacja ; naprawa DNA

bioinformatics ; data mining ; cancer genes ; evaluation ; DNA repair

53/190
Nr opisu: 0000095972
Different rates of DNA replication at early versus late S-phase sections: multiscale modeling of stochastic events related to DNA content/EdU (5-ethynyl-2 ' deoxyuridine) incorporation distributions.
[Aut.]: B. Li, H. Zhao, P. Rybak, J. W. Dobrucki, Z. Darzykiewicz, Marek Kimmel.
-Cytometry, A 2014 vol. 85A iss. 9, s. 785-797, bibliogr. 51 poz.. Impact Factor 2.928. Punktacja MNiSW 30.000

replikacja DNA ; kinetyka komórek ; etykietowanie EdU/DAPI ; modelowanie stochastyczne ; symulacja

DNA replication ; cell kinetics ; EdU/DAPI labeling ; stochastic modeling ; simulation

54/190
Nr opisu: 0000128038
Discrete stochastic Moran process describing progression of leukemia.
[Aut.]: Marek Kimmel.
W: Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania. T. 2. Pod red. Andrzeja Świerniaka i Jolanty Krystek. Gliwice : Wydaw. Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego, 2014, s. 255

55/190
Nr opisu: 0000096373
Dynamic cross talk model of the epithelial innate immune response to double-stranded rna stimulation: coordinated dynamics emerging from cell-level noise.
[Aut.]: R. Bertolusso, B. Tian, Y. Zhao, L. Vergara, A. Sabree, Marta Iwanaszko, T. Lipniacki, A. R. Brasier, Marek Kimmel.
-PLoS One 2014 vol. 9 iss. 4, e93396, s. 1-21, bibliogr. 69 poz.. Impact Factor 3.234. Punktacja MNiSW 40.000

56/190
Nr opisu: 0000091717
Evolution and structure of regulatory regions and their impact of gene expression profile in NF-kB dependent genes. Rozprawa doktorska.
[Aut.]: Marta Iwanaszko.
Gliwice, 2014, 165 s., bibliogr. 146 poz.
Politechnika Śląska. Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki. Promotor: prof. dr hab. inż. Marek Kimmel

regulacja ekspresji ; NF-kB ; czynnik transkrypcyjny ; ARE ; ewolucja ; promotor

expression regulation ; NF-kB ; ranscription factor ; ARE ; evolution ; promoter

57/190
Nr opisu: 0000099294
Modeling protein-ligand interaction with finite absorbing Markov chain.
[Aut.]: Marcin Pacholczyk, Damian Borys, Marek Kimmel.
W: Computational electrostatics for biological applications. Geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Eds. Walter Rocchia, Michela Spagnuolo. Chaim : Springer International Publishing, 2014, s. 297-306, bibliogr. 14 poz.

58/190
Nr opisu: 0000113769
Modeling the natural history and detection of lung cancer based on smoking behavior.
[Aut.]: X. Chen, M. Foy, Marek Kimmel, O. Y. Gorlova.
-PLoS One 2014 vol. 9 iss. 4, e93430, s. 1-10, bibliogr. 28 poz.. Impact Factor 3.234. Punktacja MNiSW 40.000

59/190
Nr opisu: 0000113884
Modelowanie matematyczne jako narzędzie planowania terapii antynowotworowych.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Marek Kimmel, Jarosław Śmieja.
W: Bioinformatyka. Red. Piotr Pawłowski, Andrzej Polański, Andrzej Świerniak, Piotr Zielenkiewicz. Warszawa : Akademicka Oficyna Wydaw. EXIT, 2014, s. 177-211, bibliogr. 150 poz. (Inżynieria Biomedyczna, Podstawy i Zastosowania ; t. 10)

modelowanie biomatematyczne ; chemioterapia nowotworów ; cykl komórkowy ; dynamika populacyjna ; optymalizacja protokołów terapii

biomathematical modelling ; cancer chemotherapy ; cell cycle ; population dynamics ; optimization of therapy protocols

60/190
Nr opisu: 0000096296
NF-κB and IRF3 crosstalk signaling in MEFS.
[Aut.]: M. Czerkies, Z. Korwek, W. Prus, S. Błoński, J. Jaruszewicz, M. Kochańczyk, B. Tian, Marek Kimmel, A. Brasier, T. Lipniacki.
W: XVIIIth Gliwice Scientific Meetings, November 21-22, 2014 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2014, s. 17
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2014.pdf [dostęp 14 kwietnia 2020]

61/190
Nr opisu: 0000096403
NF-κB-dependent response to ionizing radiation.
[Aut.]: K. Szołtysek, Patryk Janus, A. Walaszczyk, N. Perkins, Marek Kimmel, P. Widlak.
W: XVIIIth Gliwice Scientific Meetings, November 21-22, 2014 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2014, s. 146
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2014.pdf [dostęp 14 kwietnia 2020]

62/190
Nr opisu: 0000096295
Simplicity and complexity in models of cell signaling.
[Aut.]: Marek Kimmel.
W: XVIIIth Gliwice Scientific Meetings, November 21-22, 2014 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2014, s. 16
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2014.pdf [dostęp 14 kwietnia 2020]

63/190
Nr opisu: 0000096535
Stability of bacterial toggle switches is enhanced by cell-cycle lengthening by several orders of magnitude.
[Aut.]: J. Jaruszewicz, Marek Kimmel, T. Lipniacki.
-Phys. Rev. E 2014 vol. 89, s. 1-10, bibliogr. 54 poz.. Impact Factor 2.288. Punktacja MNiSW 5.000

64/190
Nr opisu: 0000099804
Stochastic processes of mutation, selection and growth in cancer: models and data.
[Aut.]: Marek Kimmel, A. Jilkine, C. Tomasetti, T. McDonald, Tomasz Piotr* Wojdyła.
W: 9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 15-19.06.2014 [online]. Minisymposia. [B.m.] : [b.w.], 2014, (plik php) s. 1
Dostępny w Internecie: http://conferences.chalmers.se/index.php/ecmtb/ecmtb/paper/view/1446 [dostęp 28 maja 2015]

65/190
Nr opisu: 0000113741
Stochasticity and determinism in models of hematopoiesis.
[Aut.]: Marek Kimmel.
-Adv. Exp. Med. Biol. 2014 vol. 844, s. 119-152, bibliogr. 92 poz.. Impact Factor 1.958. Punktacja MNiSW 25.000

hematopoeza ; białaczka ; komórki macierzyste ; układ dynamiczny ; proces stochastyczny ; determinizm molekularny ; mutacja inicjująca

hematopoiesis ; leukemia ; stem cells ; dynamical system ; stochastic process ; molecular determinism ; driver mutation ; passenger mutation

66/190
Nr opisu: 0000113746
Systems hematology: an introduction.
[Aut.]: S. Corey, Marek Kimmel, J. N. Leonard.
-Adv. Exp. Med. Biol. 2014 vol. 844, s. 3-10, bibliogr. 43 poz.. Impact Factor 1.958. Punktacja MNiSW 25.000

hematologia ; model ; redukcjonista ; biologia systemowa

hematology ; model ; reductionist ; system biology

67/190
Nr opisu: 0000113881
Wybrane algorytmy przeszukiwania sekwencji genomowych.
[Aut.]: Rafał* Pokrzywa, Marek Kimmel, Andrzej Polański.
W: Bioinformatyka. Red. Piotr Pawłowski, Andrzej Polański, Andrzej Świerniak, Piotr Zielenkiewicz. Warszawa : Akademicka Oficyna Wydaw. EXIT, 2014, s. 41-63, bibliogr. 23 poz. (Inżynieria Biomedyczna, Podstawy i Zastosowania ; t. 10)

sekwencja genomowa ; algorytm wyszukiwania

genome sequence ; search algorithm

68/190
Nr opisu: 0000090141
Activation of NFκB signaling pathway during the heat shock response.
[Aut.]: Anna* Naumowicz, Patryk Janus, W. Widlak, Marek Kimmel.
W: XVIIth Gliwice Scientific Meetings, November 15-16, 2013 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2013, (plik pdf) s. 69
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2013.pdf [dostęp 10 kwietnia 2013]

69/190
Nr opisu: 0000090143
Cellular stress induced by UV-C irradiation causes p53-independent inhibition of NF-kappaB signalling pathway.
[Aut.]: K. Szołtysek, A. Walaszczyk, A. Abramowicz, P. Janus, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: XVIIth Gliwice Scientific Meetings, November 15-16, 2013 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2013, (plik pdf) s. 73
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2013.pdf [dostęp 10 kwietnia 2013]

70/190
Nr opisu: 0000090872
Computational approach for modeling and testing NF-κB binding sites.
[Aut.]: Marcin Pacholczyk, K. Smolińska, Marek Kimmel.
W: SocBiN/BIT13, Torun, Poland, 26-29 June 2013. Book of abstracts [online]. [B.m.] : [b.w.], 2013, (plik pdf) s. 104, bibliogr. 5 poz.
Dostępny w Internecie: http://ptbi.org.pl/SocBiN2013/images/bookOfAbstracts/SocBinBookOfAbstracts.pdf [dostęp 10 kwietnia 2014]

71/190
Nr opisu: 0000094470
Factors influencing ascertainment bias of microsatellite allele sizes. Impact on estimates of mutation rates.
[Aut.]: B. Li, Marek Kimmel.
-Genetics 2013 vol. 195 iss. 2, s. 563-572, bibliogr. 36 poz.. Impact Factor 4.866. Punktacja MNiSW 40.000

microsatellite ascertainment bias ; mutation rate ; demography ; coalescence ; forward-time simulation

72/190
Nr opisu: 0000095683
Finite absorbing Markov chain as a model of small-ligand binding process.
[Aut.]: Marcin Pacholczyk, Damian Borys, Marek Kimmel.
W: International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering. IWBBIO, Granada, Spain, 18-20 March 2013. Proceedings. Eds. Ignacio Rojas, Francisco M. Ortuno Guzman. Granada : Copicentro Granada, 2013, s. 747-751, bibliogr. 7 poz.

73/190
Nr opisu: 0000090356
Fucci reporter system of cell cycle progression in cancer cells stress response studies.
[Aut.]: Magdalena Skonieczna, Karolina* Gajda, C. A. Feillet, F. Delaunay, P. Martin, Marek Kimmel.
W: XVIIth Gliwice Scientific Meetings, November 15-16, 2013 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2013, (plik pdf) s. 172, bibliogr. 3 poz.
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2013.pdf [dostęp 10 kwietnia 2013]

74/190
Nr opisu: 0000090136
Negative regulation og the NFκB signaling pathway by the heat shock transcription factor 1.
[Aut.]: P. Janus, M. Kalinowska-Herok, K. Szołtysek, Roman Jaksik, L. Handschuh, Marek Kimmel, P. Widlak.
W: XVIIth Gliwice Scientific Meetings, November 15-16, 2013 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2013, (plik pdf) s. 63
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2013.pdf [dostęp 10 kwietnia 2013]

75/190
Nr opisu: 0000090863
NF-κB and IRF: cross-regulation between two major pathways.
[Aut.]: Marta Iwanaszko, Marek Kimmel.
W: SocBiN/BIT13, Torun, Poland, 26-29 June 2013. Book of abstracts [online]. [B.m.] : [b.w.], 2013, (plik pdf) s. 71, bibliogr. 7 poz.
Dostępny w Internecie: http://ptbi.org.pl/SocBiN2013/images/bookOfAbstracts/SocBinBookOfAbstracts.pdf [dostęp 10 kwietnia 2014]

76/190
Nr opisu: 0000113775
Small median tumor diameter at cure threshold (<20 mm) among aggressive non-small cell lung cancers in male smokers predicts both chest X-ray and CT screening outcomes in a novel simulation framework.
[Aut.]: D. L. Goldwasser, Marek Kimmel.
-Int. J. Cancer 2013 vol. 132 iss. 1, s. 189-197, bibliogr. 31 poz.. Impact Factor 5.007. Punktacja MNiSW 40.000

rak płuc ; symulacja ; model matematyczny ; wielkość guza

lung cancer ; simulation ; mathematical model ; tumor size

77/190
Nr opisu: 0000113776
Statistical analysis of missense mutation classifiers.
[Aut.]: S. Hicks, S. E. Plon, Marek Kimmel.
-Hum. Mutat. 2013 vol. 32 iss. 2, s. 405-406, bibliogr. 10 poz.. Impact Factor 5.122. Punktacja MNiSW 40.000

78/190
Nr opisu: 0000113737
Stochastic hypothesis of transition from inborn neutropenia to AML: interactions of cell population dynamics and population genetics.
[Aut.]: Marek Kimmel, S. Corey.
-Front. Oncol. 2013 vol. 3, art. 89, s. 1-7, bibliogr. 22 poz.. Punktacja MNiSW 7.000

79/190
Nr opisu: 0000097448
Co-regulation of NF-kappaB sygnaling pathway by the active form of Heat Shock Factor 1.
[Aut.]: Patryk Janus, M. Kalinowska-Herok, W. Pigłowski, K. Szołtysek, Roman Jaksik, Krzysztof Puszyński, Marek Kimmel, P. Widlak.
W: 22nd IUBMB & 37th FEBS Congress, Seville, Spain, September 4-9, 2012. Oxford : Wiley-Blackwell Publishing, 2012, s. 163 (FEBS Journal ; vol. 279, suppl. 1 1742-464X)

80/190
Nr opisu: 0000097449
Crosstalk between NFkappaB- and p53- dependent signaling pathways - functional interference in human colon carcinoma cell line (HCT116).
[Aut.]: K. Szołtysek, A. Walaszczyk, Patryk Janus, Krzysztof Puszyński, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: 22nd IUBMB & 37th FEBS Congress, Seville, Spain, September 4-9, 2012. Oxford : Wiley-Blackwell Publishing, 2012, s. 170 (FEBS Journal ; vol. 279, suppl. 1 1742-464X)

81/190
Nr opisu: 0000078294
Crosstalk between NFκB- and P53-dependent signaling pathways - functional interference in human colon carcinoma cell line (HCT116).
[Aut.]: K. Szołtysek, A. Walaszczyk, P. Janus, Krzysztof Puszyński, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: XVIth Gliwice Scientific Meetings, November 16-17, 2012 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2012, (plik pdf) s. 134
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2012.pdf [dostęp 21 lutego 2013]

82/190
Nr opisu: 0000078430
The influence of heat shock factor 1 on the NF-κB signalling pathway.
[Aut.]: P. Janus, M. Kalinowska-Herok, K. Szołtysek, Roman Jaksik, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: XVIth Gliwice Scientific Meetings, November 16-17, 2012 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2012, (plik pdf) s. 77
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2012.pdf [dostęp 21 lutego 2013]

83/190
Nr opisu: 0000072152
A Markov model of small ligand-protein binding process.
[Aut.]: Marcin Pacholczyk, Marek Kimmel.
W: Conference on Molecular Simulations in Biosystems and Material Science. SimBioMa, Konstanz, Germany, September 28th - October 1st, 2011. Book of abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2011, s. 133, bibliogr. 3 poz.

84/190
Nr opisu: 0000071377
A smoking-based carcinogenesis model for lung cancer risk prediction.
[Aut.]: M. Foy, M. Spitz, Marek Kimmel, O. Gorlova.
-Int. J. Cancer 2011 vol. 129 iss. 8, s. 1907-1913, bibliogr. 23 poz.. Impact Factor 5.444

rak płuc ; prognozowanie ryzyka ; palenie papierosów ; model TSCE

lung cancer ; risk prediction ; smoking ; TSCE model

85/190
Nr opisu: 0000071351
Adjusting a cancer mortality-prediction model for disease status-related eligibility criteria.
[Aut.]: M. Foy, X. Chen, Marek Kimmel, O. Gorlova.
-BMC Med. Res. Methodol. 2011 vol. 11, art. 64 s. 1-7, bibliogr. 18 poz.. Impact Factor 2.668. Punktacja MNiSW 25.000

86/190
Nr opisu: 0000070855
Algorithms for modeling of the evolution of complex stochastic genetic systems. Rozprawa doktorska.
[Aut.]: Tomasz Piotr* Wojdyła.
Gliwice, 2011, 134 s., bibliogr. 188 poz.
Politechnika Śląska. Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki. Promotor: prof. dr hab. inż. Marek Kimmel

modelowanie ; stochastyka ; system stochastyczny ; system genetyczny

modelling ; stochastics ; stochastic system ; genetic system

87/190
Nr opisu: 0000071888
Ascertainment bias in microsatellites: impact on estimates of mutation rates.
[Aut.]: Marek Kimmel, B. Li.
W: The 12th International Congress of Human Genetics and the American Society of Human Genetics 61st Annual Meeting, Montreal, Canada, October 11-15, 2011. Poster abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2011, s. 43

88/190
Nr opisu: 0000071347
Association of smoking with tumor size at diagnosis in non-small cell lung cancer.
[Aut.]: X. Chen, I. Gorlov, K. Merriman, S.-F. Weng, M. Foy, G. Keener, C. I. Amos, M. Spitz, Marek Kimmel, O. Gorlova.
-Lung Cancer 2011 vol. 74 iss. 3, s. 378-383, bibliogr. 31 poz.. Impact Factor 3.434

rak płuc ; wielkość guza ; charakterystyka epidemiologiczna ; czynniki ryzyka ; CHRNA3

lung cancer ; tumor size ; epidemiologic characteristics ; risk factors ; CHRNA3

89/190
Nr opisu: 0000084735
Asymptotic behavior of a Moran model with mutations, drift and recombination among multiple loci.
[Aut.]: A. Bobrowski, Marek Kimmel, Tomasz Piotr* Wojdyła.
W: Proceedings of the XVII National Conference Applications of Mathematics to Biology and Medicine, Zakopane, September 1-6, 2011. Warszawa : University of Warsaw. Institute of Applied Mathematics and Mechanics. Department of Mathematics, 2011, s. 139

90/190
Nr opisu: 0000072226
Computational model of genetic demographic networks.
[Aut.]: Tomasz Piotr* Wojdyła, Marek Kimmel, A. Bobrowski.
W: Book of Abstracts of the 8-th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, and Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology, Kraków, June 28 - July 2, 2011. [B.m.] : [b.w.], 2011, s. 1041, bibliogr. 2 poz.

91/190
Nr opisu: 0000072298
Computational model of genetic demographic networks.
[Aut.]: Tomasz Piotr* Wojdyła, Marek Kimmel.
W: 15th Gliwice Scientific Meetings, November 18-19, 2011 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2011, (plik pdf) s. 33
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2011.pdf [dostęp 19 grudnia 2014]

92/190
Nr opisu: 0000072231
Context-dependent estimates of substitution rates in human, chimpanzee and gorilla indicate acceleration in the human lineage.
[Aut.]: N. Rustagi, I. Gorlov, S. Plon, Marek Kimmel, W. Amos.
W: The 12th International Congress of Human Genetics and the American Society of Human Genetics 61st Annual Meeting, Montreal, Canada, October 11-15, 2011. Poster abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2011, s. 916

93/190
Nr opisu: 0000071275
Exploring the landscape of protein-ligand interaction energy using probabilistic approach.
[Aut.]: Marcin Pacholczyk, Marek Kimmel.
-J. Comput. Biol. 2011 vol. 18 iss. 6, s. 843-850, bibliogr. 25 poz.. Impact Factor 1.546

równanie Poissona-Boltzmanna ; interakcja białko-ligand ; mapa stochastyczna ; miejsce wiązania

Poisson-Boltzmann equation ; protein-ligand interaction ; stochastic roadmap ; binding site

94/190
Nr opisu: 0000071393
Expression of TNFalpha-activated NFkappaB-dependent genes is affected by hyperthermia and active HSF1.
[Aut.]: M. Kalinowska-Herok, M. Pakuła, N. Kashchak, W. Widłak, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: Advances in TNF family research. Proceedings of the 12th International TNF Conference, 2009. Eds: D. Wallach, A. Kovalenko, M. Feldmann. Berlin : Springer, 2011, s. 762 (Advances in Experimental Medicine and Biology ; vol. 691 0065-2598). Impact Factor 1.093

95/190
Nr opisu: 0000071406
Identifying conformational states of macromolecules by eigen-analysis of resampled cryo-EM images.
[Aut.]: P. Penczek, Marek Kimmel, C. Spahn.
-Structure 2011 vol. 19 iss. 11, s. 1582-1590, bibliogr.. Impact Factor 6.347

96/190
Nr opisu: 0000071352
Modeling the mortality reduction due to computed tomography screening for lung cancer.
[Aut.]: M. Foy, R. Yip, X. Chen, Marek Kimmel, O. Gorlova, C. Henschke.
-Cancer 2011 vol. 117 no. 12, s. 2703-2708, bibliogr. 25 poz.. Impact Factor 4.771

rak płuc ; przesiewowa tomografia komputerowa ; zmniejszenie umieralności ; model TSCE

lung cancer ; computed tomography screening ; mortality reduction ; TSCE

97/190
Nr opisu: 0000071385
NF-κB signaling pathway is inhibited by heat shock independently of active transcription factor HSF1 and increased levels of inducible heat shock proteins.
[Aut.]: Marek Kimmel, [et al.].
-Genes to Cells 2011 vol. 16 iss. 12, s. 1168-1175, bibliogr.. Impact Factor 2.680. Punktacja MNiSW 30.000

98/190
Nr opisu: 0000071391
Prediction of missense mutation functionality depends on both the algorithm and sequence alignment employed.
[Aut.]: S. Hicks, D. Wheeler, S. Plon, Marek Kimmel.
-Hum. Mutat. 2011 vol. 32 iss. 6, s. 661-668. Impact Factor 5.686. Punktacja MNiSW 40.000

zestawienia wielosekwencyjne ; SIFT ; PolyPhen-2 ; Align-GVGD ; Xvar ; BRCA1 ; MSH2 ; MLH1 ; TP53

multiple sequence alignment ; SIFT ; PolyPhen-2 ; Align-GVGD ; Xvar ; BRCA1 ; MSH2 ; MLH1 ; TP53

99/190
Nr opisu: 0000071419
Regulation of NFkappaB-dependent and p53-dependent genes - crosstalk between signaling pathways in human colon carcinoma cell line (HCT116).
[Aut.]: K. Szołtysek, P. Janus, Adam* Makuchowski, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: Biochemistry for tomorrow's medicine. 36th FEBS Congress, Torino, Italy, June 25-30, 2011. Malden : Wiley-Blackwell Publishing, 2011, s. 242 (FEBS Journal ; vol. 278, iss. s1 1742-464X). Impact Factor 3.790

100/190
Nr opisu: 0000071679
Regulation of NFkappaB-dependent and p53-dependent genes - crosstalk between signaling pathways in human colon carcinoma cell line (HCT116).
[Aut.]: K. Szołtysek, P. Janus, Adam* Makuchowski, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: Abstracts of the 36th FEBS Congress of the Biochemistry for Tomorrows Medicine. Malden : Wiley-Blackwell Publishing, 2011, s. 242 (FEBS Journal ; vol. 278, iss. s1 1742-464X). Impact Factor 3.790

101/190
Nr opisu: 0000072153
Stochastic roadmap simulation of small ligand-protein binding process.
[Aut.]: Marcin Pacholczyk, Marek Kimmel.
W: 15th Gliwice Scientific Meetings, November 18-19, 2011 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2011, (plik html) no. 57, bibliogr. 3 poz.
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/streszczeniaplakat2011.html [dostęp 12 lipca 2012]

102/190
Nr opisu: 0000071378
Time to the MRCA of a sample in a Wright-Fisher model with variable population size.
[Aut.]: Tomasz Piotr* Wojdyła, Marek Kimmel, A. Bobrowski.
-Theor. Popul. Biol. 2011 vol. 80 iss. 4, s. 265-271, bibliogr.. Impact Factor 1.650

MRCA ; model Wrighta-Fishera ; programowanie dynamiczne ; proces Galtona-Watsona

MRCA ; Wright-Fisher model ; dynamic programming ; Galton-Watson process

103/190
Nr opisu: 0000071422
TNFalpha-induced activation of NFkappaB protects against UV-induced apoptosis specifically in P53-proficient cells.
[Aut.]: K. Szołtysek, K. Pietranek, M. Kalinowska-Herok, M. Pietrowska, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: Advances in TNF family research. Proceedings of the 12th International TNF Conference, 2009. Eds: D. Wallach, A. Kovalenko, M. Feldmann. Berlin : Springer, 2011, s. 823-824 (Advances in Experimental Medicine and Biology ; vol. 691 0065-2598). Impact Factor 1.093

104/190
Nr opisu: 0000072205
Use of whole exome sequencing to identify the molecular basis of susceptibility to lymphoid malignancies in childhood.
[Aut.]: B. C. Powell, M. Delario, L. Jiang, L. Trevino, R. Zabriskie, Marek Kimmel, L. C. Strong, D. Wheeler, R. A. Gibbs, S. Plon.
W: The 12th International Congress of Human Genetics and the American Society of Human Genetics 61st Annual Meeting, Montreal, Canada, October 11-15, 2011. Poster abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2011, s. 907

105/190
Nr opisu: 0000071877
Using a second-order hidden Markov model to identify regions of identity-by-descent in exome sequencing data.
[Aut.]: S. Hicks, S. Plon, Marek Kimmel.
W: The 12th International Congress of Human Genetics and the American Society of Human Genetics 61st Annual Meeting, Montreal, Canada, October 11-15, 2011. Poster abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2011, s. 762

106/190
Nr opisu: 0000068422
A note on the path to extinction of critical Markov branching processes.
[Aut.]: X. Wu, Marek Kimmel.
-Stat. Probab. Lett. 2010 vol. 80 iss. 5/6, s. 263-269, bibliogr. 4 poz.. Impact Factor 0.443

proces Markowa ; procesy rozgałęzień Markowa

Markov process ; markov branching processes

107/190
Nr opisu: 0000063147
Alternatives to the Wright-Fisher model. The robustness of mitochondrial Eve dating.
[Aut.]: Krzysztof Cyran, Marek Kimmel.
-Theor. Popul. Biol. 2010 vol. 78 iss. 3, s. 165-172, bibliogr. 40 poz.. Impact Factor 1.800

mitochondrialna Ewa ; model Wrighta-Fishera ; symulacja komputerowa ; model genetyczny

mitochondrial Eve ; Wright-Fisher model ; computer simulation ; genetic model

108/190
Nr opisu: 0000058357
Asymptotic behavior of a Moran model with mutations, drift and recombination among multiple loci.
[Aut.]: A. Bobrowski, Tomasz Piotr* Wojdyła, Marek Kimmel.
-J. Math. Biol. 2010 vol. 61 nr 3, s. 455-473, bibliogr. 20 poz.. Impact Factor 3.021

rekombinacja ; model Morana ; łańcuch Markowa ; mutacja ; dryft genetyczny

recombination ; Moran model ; Markov chain ; mutation ; genetic drift

109/190
Nr opisu: 0000063500
Evolution and cancer: a mathematical biology approach.
[Aut.]: Marek Kimmel.
-Biol. Direct 2010 vol. 5, art. no. 29, bibliogr. 10 poz.. Impact Factor 3.737

rak ; modelowanie matematyczne ; ewolucja

cancer ; mathematical modelling ; evolution

110/190
Nr opisu: 0000063562
Hematopoiesis and its disorders: a systems biology approach.
[Aut.]: Z. L. Whichard, C. A. Sarkar, Marek Kimmel, S. J. Corey.
-Blood 2010 vol. 115 iss. 12, s. 2339-2347, bibliogr. 99 poz.. Impact Factor 10.558

hematopoeza ; modelowanie matematyczne ; proces stochastyczny

hematopoiesis ; mathematical modelling ; stochastic process

111/190
Nr opisu: 0000063757
Modeling excess lung cancer risk among screened arm participants in the mayo lung project.
[Aut.]: D. L. Goldwasser, Marek Kimmel.
-Cancer 2010 vol. 116 no. 1, s. 122-131, bibliogr. 37 poz.. Impact Factor 5.131

badanie przesiewowe ; rak płuc ; model matematyczny ; symulacja ; Projekt Mayo Lung

screening investigation ; lung cancer ; mathematical model ; simulation ; Mayo Lung Project

112/190
Nr opisu: 0000124977
Modeling neutral evolution of Alu elements using a branching process.
[Aut.]: Marek Kimmel, M. Mathaes.
-BMC Genomics 2010 vol. 11 suppl. 1, art. no. S11 s. 1-8, bibliogr. 20 poz.. Impact Factor 2.206

genom ludzki ; mapowanie genów ; mutacje

human genome ; gene mapping ; mutation

113/190
Nr opisu: 0000068355
Non-homogeneous infinitely many sites discrete-time model with exact coalescent.
[Aut.]: A. Bobrowski, Marek Kimmel, M. Kubalińska.
-Math. Methods Appl. Sci. 2010 vol. 3 iss. 6, s. 713-732, bibliogr. 19 poz.. Impact Factor 0.840

dokładny koalescent ; proces punktowy ; model Wrighta-Fishera ; mutacja ; dryft genetyczny

exact coalescent ; point process ; Wright-Fisher model ; mutation ; genetic drift

114/190
Nr opisu: 0000065191
Patterns of evolution of human genetic disease with implications for deep sequencing methods.
[Aut.]: Marek Kimmel.
W: XIVth Gliwice Scientific Meetings 2010, Gliwice, 26-27.11.2010 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2010, (plik pdf) s. 33
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2010.pdf [dostęp 19 grudnia 2014]

115/190
Nr opisu: 0000065250
The NF-_κB signaling pathway is inhibited by heat shock independently of active transcription factor HSF1 and increased levels of HSP70I.
[Aut.]: P. Janus, M. Kalinowska-Herok, M. Pakuła, N. Kashchak, K. Szołtysek, W. Pigłowski, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: XIVth Gliwice Scientific Meetings 2010, Gliwice, 26-27.11.2010 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2010, (plik pdf) s. 54
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2010.pdf [dostęp 19 grudnia 2014]

116/190
Nr opisu: 0000056772
A robust estimator of mutation rates.
[Aut.]: X. Wu, E. Strome, Q. Meng, P. Hastings, S. Plon, Marek Kimmel.
-Mutat. Res. - Fundam. Mol. Mech. Mutagen. 2009 vol. 661 iss. 1/2, s. 101-109, bibliogr. 19 poz.. Impact Factor 3.556

analiza fluktuacji ; model Lurii-Delbrücka ; oznaczenie wielkości mutacji

fluctuation analysis ; Luria-Delbrück model ; estimation of mutation rate

117/190
Nr opisu: 0000056752
A survey of text processing tools for the automatic analysis of molecular sequences.
[Aut.]: Andrzej Polański, R. Pokrzywa, Marek Kimmel.
W: Aspects of natural language processing. Essays dedicated to Leonard Bolc on the occasion of his 75th birthday. Eds: M. Marciniak, A. Mykowiecka. Berlin : Springer, 2009, s. 359-378 (Lecture Notes in Computer Science ; vol. 5070 0302-9743)

118/190
Nr opisu: 0000056803
Estimation of the effects of smoking and DNA repair capacity on coefficients of a carcinogenesis model for lung cancer.
[Aut.]: L. Deng, Marek Kimmel, M. Foy, M. Spitz, Q. Wei, O. Gorlova.
-Int. J. Cancer 2009 vol. 124 iss. 9, s. 2152-2158, bibliogr. 32 poz.. Impact Factor 4.722

model TSCE ; dwustopniowy model ekspansji klonalnej ; rak płuc ; podatność genetyczna ; palenie papierosów ; naprawa DNA

TSCE model ; two-stage clonal expansion model ; lung cancer ; genetic susceptibility ; smoking ; DNA repair

119/190
Nr opisu: 0000058631
Functional interactions between signaling pathways that depend on P53 and NFκB transcription factors in cells exposed to genotoxic stress.
[Aut.]: K. Szołtysek, P. Janus, M. Kalinowska-Herok, R. Herok, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: The Wilhelm Bernhard Workshop. 21st International Workshop on the Cell Nucleus, Ustroń, Poland 31 August - 4 September 2009. Program and abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2009, s. 82

120/190
Nr opisu: 0000058917
Interference between the heat shock response and NFκB-dependent signaling pathway.
[Aut.]: M. Kalinowska-Herok, M. Pakuła, N. Kashchak, P. Janus, K. Szołtysek, W. Pigłowski, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: XIIIth Gliwice Scientific Meetings 2009, Gliwice, November 20-21, 2009 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2009, (plik pdf) s. 68
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2009.pdf [dostęp 22 grudnia 2014]

121/190
Nr opisu: 0000058628
Interference between the heat shock response and NFκB-dependent signaling pathway.
[Aut.]: M. Kalinowska-Herok, M. Pakuła, N. Kashchak, K. Szołtysek, W. Pigłowski, W. Widłak, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: The Wilhelm Bernhard Workshop. 21st International Workshop on the Cell Nucleus, Ustroń, Poland 31 August - 4 September 2009. Program and abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2009, s. 70-71

122/190
Nr opisu: 0000056519
Mathematical modeling as a tool for planning anticancer therapy.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Marek Kimmel, Jarosław Śmieja.
-Eur. J. Pharmacol. 2009 vol. 625 iss. 1/3, s. 108-121, bibliogr.. Impact Factor 2.585

modelowanie matematyczne ; chemioterapia ; cykl komórkowy ; farmakokinetyka ; farmakodynamika

mathematical modelling ; chemotherapy ; cell cycle ; pharmacokinetics ; pharmacodynamics

123/190
Nr opisu: 0000054415
Stochastic effects in signaling pathways in cells: interaction between visualization and modeling.
[Aut.]: Marek Kimmel.
W: Man-machine interactions. Eds: Krzysztof A. Cyran, Stanisław Kozielski, James F. Peters, Urszula Stańczyk, Alicja Wakulicz-Deja. Berlin : Springer, 2009, s. 11-22 (Advances in Intelligent and Soft Computing ; vol. 59 1867-5662)

124/190
Nr opisu: 0000058908
TNFα-induced activation of NFκB signaling affects regulation of p53-dependent pathway in UV-irradiated HCT116 cells.
[Aut.]: K. Szołtysek, P. Janus, M. Kalinowska-Herok, R. Herok, Krzysztof Puszyński, T. Lipniacki, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: XIIIth Gliwice Scientific Meetings 2009, Gliwice, November 20-21, 2009 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2009, (plik pdf) s. 91
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2009.pdf [dostęp 22 grudnia 2014]

125/190
Nr opisu: 0000048823
Exploring protein-ligand interactions with stochastic roadmap simulation.
[Aut.]: Marcin Pacholczyk, Marek Kimmel.
W: X International PhD Workshop = X Międzynarodowe Warsztaty Doktoranckie. OWD 2008, [Wisła, 18-21 October 2008]. Polish Society of Theoretical and Applied Electrotechnics [et al.]. [Gliwice] : Organizing Committe of the Symposium PPEE & Seminar BSE, 2008, s. 133-136, bibliogr. 10 poz. (Archiwum Konferencji PTETiS ; vol. 25)
Toż na CD-ROM

126/190
Nr opisu: 0000050143
Heterogeneity of large macromolecular complexes revealed by 3D cryo-EM variance analysis.
[Aut.]: W. Zhang, Marek Kimmel, C. Spahn, P. Penczek.
-Structure 2008 vol. 16 iss. 12, s. 1770-1776, bibliogr.. Impact Factor 5.397

127/190
Nr opisu: 0000047668
Heterozygous screen in saccharomyces cerevisiae identifies dosage-sensitive genes that affect chromosome stability.
[Aut.]: E. Strome, X. Wu, Marek Kimmel, S. Plon.
-Genetics 2008 vol. 178 iss. 3, s. 1193-1207, bibliogr. 57 poz.. Impact Factor 4.002

128/190
Nr opisu: 0000037723
Identification and identifiability of models of cell signalling pathways.
[Aut.]: Krzysztof Fujarewicz, Marek Kimmel, Andrzej Świerniak.
-Prz. Elektrot. 2008 R. 84 nr 5, s. 91-94, bibliogr. 12 poz.

estymacja parametrów ; równania różniczkowe komórkowe ; identyfikacja

parameter estimation ; nonlinear differential equations ; identification

129/190
Nr opisu: 0000046324
Metody wizji komputerowej i robotyki w dokowaniu molekularnym. Rozprawa doktorska.
[Aut.]: Marcin Pacholczyk.
Gliwice, 2008, 151 k., bibliogr. 118 poz.
Politechnika Śląska. Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki. Promotor: prof. dr hab. inż. Marek Kimmel

dokowanie molekularne ; interakcja białko-ligand ; symulacja ; mapa stochastyczna ; symulacja z wykorzystaniem map stochastycznych ; SRS ; klasteryzacja położeń ; haszowanie geometryczne

molecular docking ; protein-ligand interaction ; simulation ; stochastic roadmap ; Stochastic Roadmap Simulation ; SRS ; pose clustering ; geometric hashing

130/190
Nr opisu: 0000047842
Model-based analysis of interferon-β induced signaling pathway.
[Aut.]: Jarosław Śmieja, M. Jamalludin, A. R. Brasier, Marek Kimmel.
-Bioinformatics 2008 vol. 24 iss. 20, s. 2363-2369. Impact Factor 4.328

131/190
Nr opisu: 0000048692
Modelling and analysis of dynamics of viral infection of cells and interferon resistance.
[Aut.]: P. Getto, Marek Kimmel, A. Marciniak-Czochra.
-J. Math. Anal. Appl. 2008 vol. 344 iss. 2, s. 821-850, bibliogr. 19 poz.. Impact Factor 1.046

model infekcji ; zakażenie wirusowe ; analiza asymptotyczna ; równanie różniczkowe zwyczajne ; model populacji ; równanie różniczkowe z opóźnieniem ; kryterium Michajłowa

infection model ; viral infection ; asymptotic analysis ; ordinary differential equation ; population model ; delay differential equation ; Mikhailov criterion

132/190
Nr opisu: 0000084740
Mutacja, rekombinacja i dryf oraz łańcuch Markowa w wartościach w stożku rozkładów łącznych.
[Aut.]: A. Bobrowski, Marek Kimmel, Tomasz Piotr* Wojdyła.
W: X Konferencja z Probabilistyki, Będlewo, 19-23 maja 2008 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2008, (plik pdf) s. 18
Dostępny w Internecie: http://www.mimuw.edu.pl/~probab/pdf/prob2008-referaty.pdf [dostęp 31 maja 2013]

mutacja ; rekombinacja ; rozkład łączny

mutation ; recombination ; joint distribution

133/190
Nr opisu: 0000050095
Prediction of enzyme function based on 3D templates of evolutionarily important amino acids.
[Aut.]: D. M. Kristensen, R. M. Ward, A. M. Lisewski, S. Erdin, B. Y. Chen, V. Y. Fofanov, Marek Kimmel, L. E. Kavraki, O. Lichtarge.
-BMC Bioinformatics 2008 vol. 9 art. nr 17, s. 1-19, bibliogr. 77 poz.. Impact Factor 3.781

134/190
Nr opisu: 0000051154
Reaction-difusion model of early carcinogenesis: the efects of influx of mutated cells.
[Aut.]: A. Marciniak-Czochra, Marek Kimmel.
-Math. Model. Nat. Phenom. 2008 vol. 3 no. 7, s. 90-114, bibliogr. 24 poz.

rak płuca ; komórki nowotworowe ; mutacja ; proliferacja komórek

lung cancer ; cancer cells ; mutation ; cell proliferation

135/190
Nr opisu: 0000097450
TNF α exerts either pro- or anti-apoptotic effect in UV-irradiated human colon carcinoma cell lines depending on their TP53 status.
[Aut.]: Marek Kimmel, P. Widlak.
W: Abstracts of the 33rd FEBS Congress and 11th IUBMB Conference. Oxford : Wiley-Blackwell Publishing, 2008, s. 359 (FEBS Journal ; vol. 275, suppl. 1 1742-464X)

136/190
Nr opisu: 0000050093
TNFα-induced activation of NFκB protects against UV-induced apoptosis specifically in p53-proficient cells.
[Aut.]: K. Szołtysek, K. Pietranek, M. Kalinowska-Herok, M. Pietrowska, Marek Kimmel, P. Widłak.
-Acta Biochim. Pol. 2008 vol. 55 no. 4, s. 741-748, bibliogr. 29 poz.. Impact Factor 1.448

apoptoza ; cytoprotekcja ; sygnalizacja ; NF-kB ; TP53

apoptosis ; cytoprotection ; signalling ; NF-kB ; TP53

137/190
Nr opisu: 0000038962
Adjoint systems for models of cell signaling pathways and their application to parameter fitting.
[Aut.]: Krzysztof Fujarewicz, Marek Kimmel, T. Lipniacki, Andrzej Świerniak.
-IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinformat. 2007 vol. 4 iss. 3, s. 322-335, bibliogr. 29 poz.

biologia ; genetyka ; Równania różniczkowe zwyczajne

138/190
Nr opisu: 0000040681
Bioinformatics.
[Aut.]: Andrzej Polański, Marek Kimmel.
Berlin : Springer, 2007, 376 s., bibliogr. 346 poz.

139/190
Nr opisu: 0000039045
Cavity scaling: automated refinement of cavity-aware motifs in protein function prediction.
[Aut.]: B. Y. Chen, D. H. Bryant, V. Y. Fofanov, D. M. Kristensen, A. E. Cruess, Marek Kimmel, O. Lichtarge, L. E. Kavraki.
-J. Bioinformat. Comput. Biol. 2007 vol. 5 iss. 2a, s. 353-382, bibliogr. 79 poz.

białka ; struktura białka ; funkcja białka ; bioinformatyka ; motyw białkowy

proteins ; protein structure ; protein function ; bioinformatics ; protein motif

140/190
Nr opisu: 0000039055
Deterministic and stochastic models of NFκB pathway.
[Aut.]: T. Lipniacki, Marek Kimmel.
-Cardiovascular Toxicol. 2007 vol. 7 iss. 4, s. 215-234, bibliogr. 61 poz.

141/190
Nr opisu: 0000039853
Evolution of repeats in microsatellite DNA and emergency of genetic disorders.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Marek Kimmel, Andrzej Polański.
W: 1st Joint Meeting of the American Mathematical Society and the New Zealand Mathematical Society, Wellington, New Zealand, December 12-15, 2007. [B.m.] : [b.w.], 2007, s. 25-26

142/190
Nr opisu: 0000039487
Ewolucja powtórzeń w mikrosatelitarnym DNA a rozwój niektórych chorób genetycznych.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Marek Kimmel, Andrzej Polański.
W: Biocybernetyka i inżynieria biomedyczna. XV Krajowa konferencja naukowa, Wrocław, wrzesień 2007. Streszczenia prac konferencyjnych. Instytut Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej Polskiej Akademii Nauk [i in.]. [Warszawa] : [Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich. Zarząd Główny], [2007], s. 282, bibliogr. 4 poz.

DNA ; DNA mikrosatelitarne ; powtórzenia tandemowe ; sekwencje mikrosatelitarne DNA ; ewolucja powtórzeń ; choroba genetyczna

DNA ; microsatellite DNA ; tandem repeats ; microsatellites DNA repeats ; evolution of repeats ; genetic disease

143/190
Nr opisu: 0000038986
Forward-time simulations of human populations with complex diseases.
[Aut.]: B. Peng, C. I. Amos, Marek Kimmel.
-PLoS Genet. 2007 vol. 3 iss. 3, e47, s. 0407-0420, bibliogr. 67 poz.. Impact Factor 8.721

DSL ; loci podatności na chorobę ; nierównowaga sprzężeń ; MRCA ; ostatni wspólny przodek

DSL ; disease susceptibility loci ; linkage disequilibrium ; MRCA ; most recent common ancestor

144/190
Nr opisu: 0000040642
Gaussian mixture decomposition of time-course DNA microarray data.
[Aut.]: Joanna Polańska, P. Widłak, Joanna Rzeszowska-Wolny, Marek Kimmel, Andrzej Polański.
W: Mathematical modeling of biological systems. Vol. 1: Cellular biophysics, regulatory networks, development, biomedicine, and data analysis. Eds: A. Deutsch [et al.]. Boston : Birkhauser, 2007, s. 351-359

145/190
Nr opisu: 0000038971
Modelling of early lung cancer progression: influence of growth factor production and cooperation between partially transformed cells.
[Aut.]: A. Marciniak-Czochra, Marek Kimmel.
-Math. Models Methods Appl. Sci. 2007 vol. 17 suppl. 1, s. 1693-1719, bibliogr. 21 poz.. Impact Factor 1.671

dyfuzja konwekcyjna ; objętość skończona ; rozwiązania numeryczne ; PDE ; siatka nieustrukturyzowana

convection diffusion ; finite volume ; numerical solvers ; PDE ; unstructured mesh

146/190
Nr opisu: 0000039021
NFκB signaling circuits - modeling of interactions with p53 and HSF1 pathways.
[Aut.]: K. Szołtysek, J. Łanuszewska, Krzysztof Fujarewicz, Jarosław Śmieja, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: Abstracts of the 6th Parnas Conference Molecular Mechanism of Cellular Signalling, Kraków, Poland, 30 May - 2 June, 2007. Warszawa : [b.w.], 2007, s. 65 (Acta Biochimica Polonica ; vol. 54, suppl. 2 0001-527X)

147/190
Nr opisu: 0000038972
Reaction-diffusion approach to modeling of the spread of early tumors along linear or tubular structures.
[Aut.]: A. Marciniak-Czochra, Marek Kimmel.
-J. Theor. Biol. 2007 vol. 244 iss. 3, s. 375-387, bibiogr. 28 poz.. Impact Factor 2.323

rak ; równanie reakcji dyfuzji

cancer ; reaction-diffusion equation ; pattern formation ; atypical adenomatous hyperplasia ; AAH

148/190
Nr opisu: 0000038994
Robust association of the APOE ε4 allele with premature myocardial infarction especially in patients without hypercholesterolaemia: the Aachen study.
[Aut.]: F. Schmitz, V. Mevissen, C. Krantz, Marek Kimmel, J. Erdmann, R. Hoffmann, K. Zerres, J. R. Ortlepp.
-Eur. J. Clin. Investig. 2007 vol. 37 iss. 2, s. 106-108, bibliogr. 5 poz.

apolipoproteina ; genetyka ; przedwczesny zawał mięśnia sercowego

apolipoprotein ; genetics ; premature myocardial infarction

149/190
Nr opisu: 0000038987
Simulations provide support for the common disease-common variant hypothesis.
[Aut.]: B. Peng, Marek Kimmel.
-Genetics 2007 vol. 175 iss. 2, s. 763-776, bibliogr. 17 poz.. Impact Factor 4.001

150/190
Nr opisu: 0000038967
Single TNFα trimers mediating NF-κB activation: stochastic robustness of NF-κB signaling.
[Aut.]: T. Lipniacki, Krzysztof Puszyński, P. Paszek, A. R. Brasier, Marek Kimmel.
-BMC Bioinformatics 2007 vol. 8 art. nr 376, s. 1-20, bibliogr. 67 poz.. Impact Factor 3.493

151/190
Nr opisu: 0000038950
The MASH pipeline for protein function prediction and an algorithm for the geometric refinement of 3D motifs.
[Aut.]: B. Y. Chen, V. Y. Fofanov, D. H. Bryant, B. D. Dodson, D. M. Kristensen, A. M. Lisewski, Marek Kimmel, O. Lichtarge, L. E. Kavraki.
-J. Comput. Biol. 2007 vol. 14 iss. 6, s. 791-816, bibliogr. 98 poz.. Impact Factor 2.109

152/190
Nr opisu: 0000029331
Control theory approach to cancer chemotherapy: benefiting from phase dependence and overcoming drug resistance.
[Aut.]: Marek Kimmel, Andrzej Świerniak.
W: Tutorials in mathematical biosciences. III. Cell cycle, proliferation, and cancer. Berlin : Springer, 2006, s. 185-221, bibliogr. 150 poz. (Lecture Notes in Mathematics ; vol. 1872 0075-8434)

153/190
Nr opisu: 0000030739
Deterministic modeling of Interferon-Beta signaling pathway.
[Aut.]: Jarosław Śmieja, M. Jamalludin, A. Brasier, Marek Kimmel.
W: Modelling and control in biomedical systems 2006 (including biological systems). A proceedings volume from the 6th IFAC symposium, Reims, France, 20-22 September 2006. Eds. David Feng, J. Zaytoon. Oxford : Elsevier, 2006, s. 423-428

154/190
Nr opisu: 0000031701
Deterministic models of cell signaling pathways and their identification.
[Aut.]: Krzysztof Fujarewicz, Marek Kimmel, Andrzej Świerniak.
W: Wybrane zagadnienia elektrotechniki i elektroniki. WZEE'2006. VI Seminarium naukowe, Lublin - Kazimierz Dolny, 8-10 maja 2006 r.. Polskie Towarzystwo Elektrotechniki Teoretycznej i Stosowanej. Zarząd Główny i Oddział Lubelski PTETiS, Politechnika Lubelska. Wydział Elektrotechniki i Informatyki. Lublin : [Polskie Towarzystwo Elektrotechniki Teoretycznej i Stosowanej], 2006, s. 61-68

155/190
Nr opisu: 0000025557
Dynamics of growth and signaling along linear and surface structures in very early tumors.
[Aut.]: A. Marciniak-Czochra, Marek Kimmel.
-Comput. Math. Methods Med. 2006 vol. 7 iss. 2/3, s. 189-213, bibliogr. 23 poz.

modelowanie nowotworów ; równanie reakcji dyfuzji ; tworzenie wzorców

cancer modelling ; reaction-diffusion equation ; pattern formation ; atypical adenomatous hyperplasia ; Bronchoalveolar carcinoma ; AAH ; BAC

156/190
Nr opisu: 0000022461
Modeling of interactions between NFκB and p53 signaling pathways.
[Aut.]: K. Szołtysek, J. Łanuszewska, P. Widłak, Jarosław Śmieja, Krzysztof Fujarewicz, Marek Kimmel.
W: Abstracts of the 41st Meeting of the Polish Biochemical Society, Białystok, 12-15 September, 2006. Warszawa : [b.w.], 2006, s. 95 (Acta Biochimica Polonica ; vol. 53, suppl. 1 0001-527X). Impact Factor 1.363

157/190
Nr opisu: 0000025322
Parameter estimation for models of cell signaling pathways based on semi-quantitative data.
[Aut.]: Krzysztof Fujarewicz, Marek Kimmel, T. Lipniacki, Andrzej Świerniak.
W: Proceedings of the Fourth IASTED International Conference on Biomedical Engineering, Innsbruck, Austria, February 15-17, 2006. Ed. C. Ruggiero. Anaheim : Acta Press, 2006, s. 306-310, bibliogr. 10 poz.

158/190
Nr opisu: 0000129614
Strength of the purifying selection against different categories of the point mutations in the coding regions of the human genome.
[Aut.]: I. P. Gorlov, Marek Kimmel, C. I. Amos.
-Hum. Mol. Genet. 2006 vol. 15 iss. 7, s. 1143-1150, bibliogr. 53 poz.

159/190
Nr opisu: 0000029341
Transcriptional stochasticity in gene expression.
[Aut.]: T. Lipniacki, P. Paszek, A. Marciniak-Czochra, A. Brasier, Marek Kimmel.
-J. Theor. Biol. 2006 vol. 238 iss. 2, s. 348-367, bibliogr. 33 poz.. Impact Factor 2.264

regulacja genów ; transkrypcja ; funkcja gęstości prawdopodobieństwa ; proces stochastyczny

gene regulation ; probability density function ; probability density function ; stochastic process

160/190
Nr opisu: 0000019831
A simple model of linkage disequilibrium and genetic drift in human genomic SNPs: importance of demography and SNP age.
[Aut.]: Joanna Polańska, Marek Kimmel.
-Hum. Hered. 2005 vol. 60 iss. 4, s. 181-195. Impact Factor 3.645

161/190
Nr opisu: 0000020079
Algorithms for structural comparison and statistical analysis of 3D protein motifs.
[Aut.]: B. Chen, V. Fofanov, D. Kristensen, Marek Kimmel, O. Lichtarge, L. Kavraki.
W: Pacific Symposium on Biocomputing 2005, Hawaii, USA, 4-8 January 2005. Eds: R. Altman [et al.]. Singapore : World Scientific Publishing, 2005, s. 334-345, bibliogr. 28 poz.

162/190
Nr opisu: 0000019929
Analysis of differences in amino acid substitution patterns, using multilevel G-tests.
[Aut.]: Marcin Pacholczyk, Marek Kimmel.
-C. R., Biol. 2005 vol. 328 iss. 7, s. 632-641, bibliogr. 19 poz.. Impact Factor 1.199

163/190
Nr opisu: 0000019819
Estimating the growth rates of primary lung tumours from samples with missing measurements.
[Aut.]: O. Gorlova, B. Peng, D. Yankelevitz, C. Henschke, Marek Kimmel.
-Stat. Med. 2005 vol. 24 iss. 7, s. 1117-1134, bibliogr. 23 poz.

płuco ; nowotwór

lung ; neoplasm

164/190
Nr opisu: 0000019814
Interactions of Neanderthals and modern humans: what can be inferred from mitochondrial DNA?.
[Aut.]: Krzysztof Cyran, Marek Kimmel.
-Math. Biosci. Eng. 2005 vol. 2 no. 3, s. 487-498. Impact Factor 0.682

165/190
Nr opisu: 0000019828
Mathematical model of tumor invasion along linear or tubular structures.
[Aut.]: A. Marciniak-Czochra, Marek Kimmel.
-Math. Comput. Model. 2005 vol. 41 iss. 10, s. 1097-1108, bibliogr. 11 poz.. Impact Factor 0.422

166/190
Nr opisu: 0000021967
Modeling lung cancer screening.
[Aut.]: Marek Kimmel, O. Gorlova, C. Henschke.
W: Recent advances in quantitative methods for cancer and human health risk assessment. Eds: L. Edler, Ch. Kitsos. Chichester : John Wiley & Sons, 2005, s. 161-173

167/190
Nr opisu: 0000019818
On fitting of mathematical models of cell signaling pathways using adjoint systems.
[Aut.]: Krzysztof Fujarewicz, Marek Kimmel, Andrzej Świerniak.
-Math. Biosci. Eng. 2005 vol. 2 no. 3, s. 527-534. Impact Factor 0.682

168/190
Nr opisu: 0000019830
simuPOP: a forward-time population genetics simulation environment.
[Aut.]: B. Peng, Marek Kimmel.
-Bioinformatics 2005 vol. 21 iss.18, s. 3686-3687. Impact Factor 6.019

169/190
Nr opisu: 0000019932
Stochastic effects of multiple regulators on expression profiles in eukaryotes.
[Aut.]: P. Paszek, T. Lipniacki, A. Brasier, B. Tian, D. Nowak, Marek Kimmel.
-J. Theor. Biol. 2005 vol. 233 iss. 3, s. 423-433, bibiogr. 19 poz.. Impact Factor 1.959

170/190
Nr opisu: 0000013779
Adjoint systems for models of cell signalling pathways and their application to parameter fitting.
[Aut.]: Krzysztof Fujarewicz, Marek Kimmel, Andrzej Świerniak.
W: Proceedings of the Tenth National Conference on Application of Mathematics in Biology and Medicine = Krajowa Konferencja Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie, Święty Krzyż, 22-25 September 2004. Kielce : University of Computer Engineering and Telecommunications, 2004, s. 49-54

171/190
Nr opisu: 0000010000
Are infinite dimensional models applicable in modelling and analysis of cancer chemotherapy?.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Marek Kimmel, Jarosław Śmieja, J. Rzeszowska-Wolny.
-J. Med. Informat. Technol. 2004 vol. 8, s. MM3-MM10, bibliogr. 6 poz.

lekooporność ; układ nieskończenie wymiarowy ; transformacja Laplace'a ; rozgałęzienie losowe

drug resistance ; infinite dimensional system ; Laplace transformation ; branching random

172/190
Nr opisu: 0000013163
Asymptotic behavior of joint distributions of characteristics of a pair of randomly chosen individuals in discrete-time Fisher-Wright models with mutations and drift.
[Aut.]: A. Bobrowski, Marek Kimmel.
-Theor. Popul. Biol. 2004 vol. 66 iss. 4, s. 355-367, bibliogr. 14 poz.. Impact Factor 2.481

model Fishera-Wrighta ; łańcuch Markowa ; mutacja ; dryft genetyczny

Fisher-Wright model ; Markov chain ; mutation ; genetic drift

173/190
Nr opisu: 0000013954
Distribution of time to coalescenceunder stochastic population growths. Application to MRCA dating.
[Aut.]: Krzysztof Cyran, Marek Kimmel.
W: Proceedings of the Eighth Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2004, San Diego, California, USA, March 27-31, 2004. Eds: Dan Gusfield [et al.]. New York : Association for Computing Machinery, 2004, s. 11-12

174/190
Nr opisu: 0000013794
Gaussian mixture model for gene expression data.
[Aut.]: Joanna Polańska, Marek Kimmel, Andrzej Polański.
W: Proceedings of the Tenth National Conference on Application of Mathematics in Biology and Medicine = Krajowa Konferencja Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie, Święty Krzyż, 22-25 September 2004. Kielce : University of Computer Engineering and Telecommunications, [2004], s. 171-176

175/190
Nr opisu: 0000011378
Mathematical model of NF-kappa B regulatory module.
[Aut.]: T. Lipniacki, P. Paszek, A. Brasier, B. Luxon, Marek Kimmel.
-J. Theor. Biol. 2004 vol. 228 iss. 2, s. 195-215. Impact Factor 1.683

ścieżka sygnalizacyjna ; równanie różniczkowe zwyczajne ; NF-kB ; A20 ; IkBα

signaling pathways ; ordinary differential equation ; NF-kB ; A20 ; IkBα

176/190
Nr opisu: 0000014098
Robustness of the dating of the most reGent common female ancestor of modern humans.
[Aut.]: Krzysztof Cyran, Marek Kimmel.
W: Proceedings of the Tenth National Conference on Application of Mathematics in Biology and Medicine = Krajowa Konferencja Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie, Święty Krzyż, 22-25 September 2004. Kielce : University of Computer Engineering and Telecommunications, 2004, s. 19-24

177/190
Nr opisu: 0000014427
Signatures of selection at molecular level in two genes implicated in human familial cancers.
[Aut.]: Krzysztof Cyran, Joanna Polańska, R. Chakraborty, D. Nelson, Marek Kimmel.
W: Proceedings of the 12th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 3rd European Conference on Computational Biology, Glasgow, UK, 2004. [B.m.] : [b.w.], [2004], s. 162

178/190
Nr opisu: 0000014591
Stabilność modeli ewolucji populacji z selekcją i niesymetryczną dystorsją.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Andrzej Polański, Marek Kimmel.
W: Materiały 4 Sympozjum Analizy Nieliniowej. SNA'2004, Łódź, 2004. Łódź : [b.w.], 2004, s. 34

179/190
Nr opisu: 0000013790
Statistical analysis of protein substitution patterns.
[Aut.]: M. Pacholczyk, Marek Kimmel.
W: Proceedings of the Tenth National Conference on Application of Mathematics in Biology and Medicine = Krajowa Konferencja Zastosowań Matematyki w Biologii i Medycynie, Święty Krzyż, 22-25 September 2004. Kielce : University of Computer Engineering and Telecommunications, 2004, s. 165-170

180/190
Nr opisu: 0000010001
Testing for signatures of natural selection at molecular genes level.
[Aut.]: Krzysztof Cyran, Joanna Polańska, Marek Kimmel.
-J. Med. Informat. Technol. 2004 vol. 8, s. MM31-MM39, bibliogr. 18 poz.

selekcja ; geny raka ; ATM ; RECQL

selection ; cancer genes ; ATM ; RECQL

181/190
Nr opisu: 0000013275
Using control theory to make cancer chemotherapy beneficial from phase dependence and resistant to drug resistance.
[Aut.]: Marek Kimmel, Andrzej Świerniak.
-Arch. Control Sci. 2004 vol. 14 no. 2, s. 105-145

182/190
Nr opisu: 0000010974
Using SVD and SVM methods for selection, classification, clustering and modeling of DNA mocroarray data.
[Aut.]: Krzysztof Simek, Krzysztof Fujarewicz, Andrzej Świerniak, Marek Kimmel, B. Jarząb, [i in.].
-Eng. Appl. Artif. Intell. 2004 vol. 17 iss. 4, s. 417-427, bibliogr.. Impact Factor 0.421

183/190
Nr opisu: 0000010089
Computational methods of gene expression analysis for DNA microarray data.
[Aut.]: Krzysztof Simek, Andrzej Świerniak, Marek Kimmel, Krzysztof Fujarewicz, B. Jarząb, M. Wiench.
W: Methods of artificial intelligence. AI-METH 2003, Gliwice, Poland, 5-7 November 2003. Eds: T. Burczyński, W. Cholewa, W. Moczulski. Gliwice : Silesian University of Technology. Department for Strength of Materials and Computational Mechanics. Department of Fundamentals of Machinery Design, 2003, s. 116-117, bibliogr. 14 poz.

184/190
Nr opisu: 0000010774
Computational methods of gene expression analysis for DNA microarray data.
[Aut.]: Krzysztof Simek, Andrzej Świerniak, Marek Kimmel, Krzysztof Fujarewicz, B. Jarząb, M. Wiench.
W: Methods of artificial intelligence. AI-METH 2003, Gliwice, Poland, 5-7 November 2003. Full papers. Eds: T. Burczyński, W. Cholewa, W. Moczulski. Gliwice : Silesian University of Technology. Department for Strength of Materials and Computational Mechanics. Department of Fundamentals of Machinery Design, 2003, s. 263-268, bibliogr. 14 poz.

185/190
Nr opisu: 0000009381
Molecular mechanisms of autosomal recessive hypercholesterolemia.
[Aut.]: J. Cohen, Marek Kimmel, Andrzej Polański, H. Hobbs.
-Curr. Opin. Lipidology 2003 vol. 14 no. 2, s. 121-127. Impact Factor 6.966

186/190
Nr opisu: 0000009869
Population genetics models for the statistics of DNA samples under different demographic scenarios. Maximum likelihood versus approximate methods.
[Aut.]: Andrzej Polański, Marek Kimmel.
-Int. J. Appl. Math. Comput. Sci. 2003 vol. 13 nr 3, s. 347-355

187/190
Nr opisu: 0000099894
Qualitative analysis of controlled drug resistance model - inverse Laplace versus semigroup approach.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Andrzej Polański, Marek Kimmel, A. Bobrowski, Jarosław Śmieja.
W: 9th International Symposium on System Modelling Control. SMC, Zakopane, Poland, April 27-May 1, 1998. [Dokument elektroniczny]. Ed. by P. S. Szczepaniak. [Łódź] : [Politechnika Łódzka. Instytut Informatyki], 1998, dysk optyczny (CD-ROM) plik html, bibliogr. 5 poz.

188/190
Nr opisu: 0000035821
Control problems arising in chemotherapy under evolving drug resistance.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Andrzej Polański, Marek Kimmel.
W: 13th World Congress of IFAC, San Francisco, USA, June 30 - July 5, 1996. Preprints. Vol. B: Manufacturing, social effects, bioproduction, biomedical, environment. Ed. by J. J. Gertler, J. B. Cruz, M. Peshkin. International Federation of Automatic Control. [B.m.] : [b.w.], 1996, s. 411-416, bibliogr. 15 poz.

189/190
Nr opisu: 0000035088
Optimal control problems arising in cell-cycle-specific cancer chemotherapy.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Andrzej Polański, Marek Kimmel.
-Cell Prolif. 1996 vol. 29 iss. 3, s. 117-139, bibliogr. 67 poz.

190/190
Nr opisu: 0000030569
Własności dynamiczne modelu ewolucji odporności na leki.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Marek Kimmel, Andrzej Polański, Jarosław Śmieja.
W: Dwudziesta Piąta Ogólnopolska Konferencja Zastosowań Matematyki, Zakopane-Kościelisko, 17-24.IX. 1996. Komitet Matematyki Polskiej Akademii Nauk [i in.]. Warszawa : [b.w.], 1996, s. 115

stosując format: