Wyniki wyszukiwania

Wynik wyszukiwania

1/102
Nr opisu: 0000131326
BioTest - remote platform for hypothesis testing and analysis of biomedical data.
[Aut.]: Krzysztof Psiuk-Maksymowicz, Roman Jaksik, Aleksander Płaczek, Aleksandra Helena Gruca, Sebastian Student, Damian Borys, Dariusz Mrozek, Krzysztof Fujarewicz, Andrzej Świerniak.
W: Current trends in biomedical engineering and bioimages analysis. Proceedings of the 21st Polish Conference on Biocybernetics and Biomedical Engineering, Zielona Góra, Poland, 25-27 September 2019. Eds.: Józef Korbicz, Roman Maniewski, Krzysztof Patan, Marek Kowal. Cham : Springer, 2020, s. 152-165, bibliogr. 22 poz. (Advances in Intelligent Systems and Computing ; vol. 1033 2194-5357). Punktacja MNiSW 20.000

bioinformatyka ; analiza danych biomedycznych ; integracja danych

bioinformatics ; biomedical data analysis ; data integration

2/102
Nr opisu: 0000136063
Cell cycle as a fault tolerant control system.
[Aut.]: Jarosław Śmieja, Andrzej Świerniak, Roman Jaksik.
W: Advanced, contemporary control. Proceedings of KKA 2020 - the 20th Polish Control Conference, Łódź, Poland, 2020. Eds. Andrzej Bartoszewicz, Jacek Kabziński, Janusz Kacprzyk. Cham : Springer Nature Switzerland, 2020, s. 555-566, bibliogr. 33 poz. (Advances in Intelligent Systems and Computing ; vol. 1196 2194-5357). Punktacja MNiSW 20.000

naprawa uszkodzeń DNA ; sterowanie odporne na błędy ; cykl komórkowy ; mutacja ; nowotwór

DNA damage repair ; fault-tolerant control ; cell cycle ; mutation ; cancer

3/102
Nr opisu: 0000137481
Circuits regulating superoxide and nitric oxide production and neutralization in different cell types: expression of participating genes and changes induced by ionizing radiation.
[Aut.]: Patryk Bil, Sylwia Ciesielska, Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
-Antioxidants 2020 vol. 9 iss. 8, s. 1-14, bibliogr. 56 poz.. Impact Factor 5.014. Punktacja MNiSW 100.000

rodnik ponadtlenkowy ; tlenek azotu ; syntaza tlenku azotu ; promieniowanie jonizujące

superoxide radical ; nitric oxide ; nitric oxigen synthase ; ionizing radiation

4/102
Nr opisu: 0000138236
Discrimination between human populations using a small number of differentially methylated CpG sites: a preliminary study using lymphoblastoid cell lines and peripheral blood samples of European and Chinese origin.
[Aut.]: P. Daca-Roszak, Roman Jaksik, J. Paczkowska, M. Witt, E. Ziętkiewicz.
-BMC Genomics 2020 vol. 21 iss. 1, s. 1-15, bibliogr. 61 poz.. Impact Factor 3.594. Punktacja MNiSW 140.000

metylacja DNA ; identyfikacja populacji ludzkiej ; pirosekwencjonowanie

DNA methylation ; human population identification ; pyrosequencing ; population differentiating CpGs

5/102
Nr opisu: 0000135436
Heuristic search of exact biclusters in binary data.
[Aut.]: Marcin Michalak, Roman Jaksik, D. Ślęzak.
-Int. J. Appl. Math. Comput. Sci. 2020 vol. 30 nr 1, s. 161-171, bibliogr. 19 poz.. Impact Factor 0.967. Punktacja MNiSW 100.000

biklasteryzacja ; wnioskowanie boolowskie ; implikanty proste ; analiza danych biomedycznych ; heurystyka Johnsona

biclustering ; Boolean reasoning ; prime implicants ; biomedical data analysis ; Johnson heuristic

6/102
Nr opisu: 0000135879
hsa-miR-20b-5p and hsa-miR-363-3p affect expression of PTEN and BIM tumor suppressor genes and modulate survival of T-ALL cells in vitro.
[Aut.]: M. Drobna, B. Szarzyńska-Zawadzka, Roman Jaksik, Ł. Sędek, A. Kuchmiy, T. Taghon, P. Van Vlierberghe, T. Szczepański, M. Witt, M. Dawidowska.
-Cells 2020 vol. 9 iss. 5, s. 1-19, bibliogr. 60 poz.. Impact Factor 4.366. Punktacja MNiSW 140.000

rakotwórcze miRNAs ; ostra białaczka limfoblastyczna ; wyciszanie genów supresorowych nowotworów ; klaster miRNA ; niekodujące RNA ; rak

oncogenic miRNAs ; acute lymphoblastic leukemia ; silencing tumor suppressor genes ; miRNA cluster ; noncoding RNAs ; cancer

7/102
Nr opisu: 0000138276
Statistical inference for the evolutionary history of cancer genomes.
[Aut.]: K. N. Dinh, Roman Jaksik, Marek Kimmel, A. Lambert, S. Tavare.
-Stat. Sci. 2020 vol. 35 nr 1, s. 129-144, bibliogr.. Impact Factor 3.583. Punktacja MNiSW 200.000

rozwój nowotworu ; koalescencja ; proces narodziny-śmierć ; widmo częstotliwości lokalizacji ; heterogeniczność guza ; selekcja klonalna ; ploidalność ; sekwencjonowanie masowe

cancer evolution ; coalescent ; birth-death process ; site frequency spectrum ; tumor heterogeneity ; clonal selection ; ploidy ; bulk sequencing

8/102
Nr opisu: 0000128509
A mathematical model as a tool to identify microRNAs with highest impact on transcriptome changes.
[Aut.]: Marzena* Mura, Roman Jaksik, Anna Lalik, K. Biernacki, Marek Kimmel, Joanna* Rzeszowska-Wolny, Krzysztof Fujarewicz.
-BMC Genomics 2019 vol. 20, art. no. 114 s. 1-16, bibliogr. 78 poz.. Impact Factor 3.594. Punktacja MNiSW 140.000

miRNA ; interakcje miRNA-mRNA ; promieniowanie jonizujące ; czynnik stresogenny

miRNA ; miRNA-mRNA interactions ; ionizing radiation ; stressing factor

9/102
Nr opisu: 0000128911
A novel role for Bst2 and E-selectin in IFNg-stimulated HSC niche relocalization.
[Aut.]: K. Matatall, H. Wang, Roman Jaksik, M. Kimmel, D. Park, K. Y. King.
-Blood 2019 vol. 132 suppl. 1, s. 874

10/102
Nr opisu: 0000135042
Analysis of factors affecting the precision of gene expression measurement methods.
[Aut.]: Anna Lalik, Krzysztof Puszyński, Roman Jaksik.
W: 2019 13th International Conference on Signal Processing and Communication Systems (ICSPCS), Gold Coast, Australia, December 16-18, 2019. Proceedings. Eds.: Tadeusz A. Wysocki & Beata J. Wysocki. Piscataway : Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2019, s. 1-5, bibliogr. 19 poz.. Punktacja MNiSW 20.000

ekspresja genów ; RT-QPCR ; mikromacierz oligonukleotydowa ; sekwencjonowanie RNA

gene expression ; RT-QPCR ; oligonucleotide microarray ; RNA sequencing

11/102
Nr opisu: 0000128961
Comprehensive investigation of miRNome identifies novel candidate miRNA-mRNA interactions implicated in T-cell acute lymphoblastic leukemia.
[Aut.]: M. Dawidowska, Roman Jaksik, M. Drobna, B. Szarzyńska-Zawadzka, M. Kosmalska, Ł. Sędek, L. Machowska, Anna Lalik, M. Lejman, M. Ussowicz, K. Kałwak, J. R. Kowalczyk, Ł. Szczepański, M. Witt.
-Neoplasia 2019 vol. 21 iss. 3, s. 294-310, bibliogr. 109 poz.. Impact Factor 5.696. Punktacja MNiSW 140.000

12/102
Nr opisu: 0000135043
Correction of the genes expression measurements based on the probes design features.
[Aut.]: Krzysztof Puszyński, Anna Lalik, Roman Jaksik.
W: 2019 13th International Conference on Signal Processing and Communication Systems (ICSPCS), Gold Coast, Australia, December 16-18, 2019. Proceedings. Eds.: Tadeusz A. Wysocki & Beata J. Wysocki. Piscataway : Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2019, s. 1-6, bibliogr. 11 poz.. Punktacja MNiSW 20.000

mikromacierz ; przetwarzanie sygnałów ; bioinformatyka ; pary GC

microarray ; signal processing ; bioinformatics ; GC pairs

13/102
Nr opisu: 0000135021
Nucleotide composition bias in high throughput gene expression measurement methods.
[Aut.]: Roman Jaksik, Anna Lalik, Krzysztof Puszyński.
W: 2019 13th International Conference on Signal Processing and Communication Systems (ICSPCS), Gold Coast, Australia, December 16-18, 2019. Proceedings. Eds.: Tadeusz A. Wysocki & Beata J. Wysocki. Piscataway : Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2019, s. 1-6, bibliogr. 35 poz.. Punktacja MNiSW 20.000

sekwencjonowanie RNA ; mikromacierz oligonukleotydowa ; bioinformatyka ; wykrywanie genów o zróżnicowanej ekspresji

RNA sequencing ; oligonucleotide microarray ; bioinformatics ; detection of differentially expressed genes

14/102
Nr opisu: 0000128340
PTEN abnormalities predict poor outcome in children with T-cell acute lymphoblastic leukemia treated according to ALL IC-BFM protocols.
[Aut.]: B. Szarzyńska-Zawadzka, J. B. Kunz, Ł. Sędek, M. Kosmalska, K. Zdon, P. Biecek, O. Bandapalli, M. Kraszewska-Hamilton, Roman Jaksik, M. Drobna, J. R. Kowalczyk, T. Szczepański, P. Van Vlierberghe, A. E. Kulozik, M. Witt, M. Dawidowska.
-Am. J. Hematol. 2019 vol. 94 iss. 4, s. E93-E96, bibliogr. 6 poz.. Impact Factor 6.973. Punktacja MNiSW 140.000

15/102
Nr opisu: 0000132789
Study of DNA replication origins based on somatic mutation patterns and dynamic programming.
[Aut.]: Roman Jaksik, D. Wheeler, Marek Kimmel.
W: XII Symposium of Polish Bioinformatics Society, Kraków, September 19-21, 2019. Book of abstracts. [B. m.] : [b.w.], 2019, s. 48

16/102
Nr opisu: 0000121552
Detection of genetic aberrations in cancer driving signaling pathways based on joint analysis of heterogeneous genomics data.
[Aut.]: Roman Jaksik, Krzysztof Fujarewicz.
W: Proceedings of the International Conference on Information Technology & Systems. ICITS 18, Libertad City, Ecuador, January 10 - 12, 2018. Eds.: Alvaro Rocha, Teresa Guarda. Cham : Springer, 2018, s. 484-494, bibliogr. 13 poz. (Advances in Intelligent Systems and Computing ; vol. 721 2194-5357). Punktacja MNiSW 15.000

ścieżka sygnalizacyjna ; sekwencjonowanie ; metylacja ; ekspresja genów ; zmiana liczby kopii ; wzajemna wyłączność

signaling pathway ; sequencing ; methylation ; gene expression ; copy-number alteration ; mutual exclusivity

17/102
Nr opisu: 0000118937
Functional interpretation of gene sets: semantic-based clustering of gene ontology terms on the BioTest platform.
[Aut.]: Aleksandra Helena Gruca, Roman Jaksik, Krzysztof Psiuk-Maksymowicz.
W: Man-machine interactions 5. 5th International Conference on Man-Machine Interactions, ICMMI 2017, Kraków, Poland, October 3-6, 2017. Eds. Aleksandra Gruca, Tadeusz Czachórski, Katarzyna Harezlak, Stanisław Kozielski, Agnieszka Piotrowska. Berlin : Springer International Publishing, 2018, s. 125-136, bibliogr. 33 poz. (Advances in Intelligent Systems and Computing ; vol. 659 2194-5357). Punktacja MNiSW 15.000

ontologia genowa ; grupowanie ; podobieństwo semantyczne ; platforma BioTest ; mikromacierz DNA ; profilowanie molekularne ; wykładnia funkcjonalna

gene ontology ; clustering ; semantic similarity ; BioTest platform ; DNA microarray ; molecular profiling ; functional interpretation

18/102
Nr opisu: 0000127035
GaMRed - adaptive filtering of high-throughput biological data.
[Aut.]: Michał Marczyk, Roman Jaksik, Andrzej Polański, Joanna Polańska.
-IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinformat. 2018 in press, s. 1-10, bibliogr. 20 poz.. Impact Factor 2.896. Punktacja MNiSW 30.000

filtrowanie informacji ; rozkład mieszaniny Gaussa ; wysokoprzepustowe dane biologiczne

information filtering ; Gaussian mixture decomposition ; high throughput biological data

19/102
Nr opisu: 0000126067
Identification of endogenous control miRNAs for RT-qPCR in T-cell acute lymphoblastic leukemia.
[Aut.]: M. Drobna, B. Szarzyńska-Zawadzka, P. Daca-Roszak, M. Kosmalska, Roman Jaksik, M. Witt, M. Dawidowska.
-Int. J. Mol. Sci. 2018 vol. 19 iss. 10, art. no. 2858 s. 1-17, bibliogr. 65 poz.. Impact Factor 4.183. Punktacja MNiSW 30.000

miRNA ; mikroRNA ; kontrola endogenna ; geny referencyjne ; analiza tkanki ; linia komórkowa ; ostra białaczka limfoblastyczna T-komórkowa ; T-ALL ; normalizacja ekspresji miRNA w RT-qPCR

miRNA ; microRNA ; endogenous control ; reference genes ; tissue analysis ; cell lines ; T-cell acute lymphoblastic leukemia ; T-ALL ; normalization of miRNA expression in RT-qPCR

20/102
Nr opisu: 0000125348
Identification of factors that affect reproducibility of mutation calling methods in data originating from the next-generation sequencing.
[Aut.]: Roman Jaksik, Krzysztof Psiuk-Maksymowicz, Andrzej Świerniak.
W: Computer and information sciences. 32nd International symposium, ISCIS 2018 held at the 24th IFIP World Computer Congress, WCC 2018, Poznan, Poland, September 20-21, 2018. Proceedings. Eds. Tadeusz Czachórski, Erol Gelenbe, Krzysztof Grochla, Ricardo Lent. Cham : Springer, 2018, s. 264-271, bibliogr. 18 poz. (Communications in Computer and Information Science ; vol. 935 1865-0929). Punktacja MNiSW 20.000

analiza danych bioinformatycznych ; sekwencjonowanie nowej generacji ; mutacja somatyczna ; powtarzalność wyników ; sekwencjonowanie całoeksomowe

bioinformatic data analysis ; next generation sequencing ; somatic mutation ; reproducibility of results ; whole exome sequencing

21/102
Nr opisu: 0000127243
MIR-20B-5P and MIR-363-3P as candidate oncomirs in pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia.
[Aut.]: M. Drobna, B. Szarzyńska-Zawadzka, M. Kosmalska, Roman Jaksik, M. Witt, M. Dawidowska.
W: XXIInd Gliwice Scientific Meetings 2018, Gliwice, November 16-17, 2018. [B.m.] : [b.w.], 2018, s. 60

22/102
Nr opisu: 0000120685
Proteome profiles of different types of thyroid cancers.
[Aut.]: M. Gawin, A. Wojakowska, M. Pietrowska, Ł. Marczak, M. Chekan, K. Jelonek, D. Lange, Roman Jaksik, Aleksandra Helena Gruca, P. Widłak.
-Mol. Cell. Endocrinol. 2018 vol. 472, s. 68-79, bibliogr. 50 poz.. Impact Factor 3.693. Punktacja MNiSW 35.000

biomarkery ; tkanki FFPE ; spektrometria mas ; proteomika ; rak tarczycy

biomarkers ; FFPE tissue ; mass spectrometry ; proteomics ; thyroid cancer

23/102
Nr opisu: 0000125424
The use of distributed data storage and processing systems in bioinformatic data analysis.
[Aut.]: M. Bochenek, K. Folkert, Roman Jaksik, M. Krzesiak, M. Michalak, Marek Sikora, T. Stęclik, Łukasz Wróbel.
W: Beyond databases, architectures and structures. Facing the challenges of data proliferation and growing variety. 14th International conference, BDAS 2018 held at the 24th IFIP World Computer Congress, WCC 2018, Poznan, Poland, September 18-20, 2018. Proceedings. Eds. Stanisław Kozielski, Dariusz Mrozek, Paweł Kasprowski, Bożena Małysiak-Mrozek, Daniel Kostrzewa. Cham : Springer, 2018, s. 18-32, bibliogr. 25 poz. (Communications in Computer and Information Science ; vol. 928 1865-0929). Punktacja MNiSW 20.000

dane biomedyczne ; obliczenia rozproszone ; mutacja genu ; analiza danych TCGA ; ekosystem Hadoop

biomedical data ; distributed computing ; gene mutation ; TCGA data analysis ; Hadoop ecosystem

24/102
Nr opisu: 0000125307
Transcriptomic population markers for human population discrimination.
[Aut.]: P. Daca-Roszak, M. Świerniak, Roman Jaksik, T. Tyszkiewicz, M. Oczko-Wojciechowska, J. Zebracka-Gala, B. Jarzab, M. Witt, E. Ziętkiewicz.
-BMC genetics 2018 vol. 19 no. 54, s. 1-11, bibliogr. 28 poz.. Impact Factor 2.547. Punktacja MNiSW 25.000

badanie ekspresji genów ; platforma Illumina ; karta TLDA ; znacznik populacji mRNA ; drzewo decyzyjne ; test klasyfikatora ; identyfikacja populacji ludzkiej

gene expression study ; Illumina platform ; TLDA card ; population-specific mRNA marker ; decision-tree ; classifier testing ; human population identification

25/102
Nr opisu: 0000121949
Changes in gene expression in HCT116 and ME45 cell lines.
[Aut.]: Sylwia Kała, Dorota* Hudy, Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: XXIst Gliwice Scientific Meetings 2017, Gliwice, November 17-18, 2017. [B.m.] : [b.w.], 2017, s. 101

26/102
Nr opisu: 0000121898
Detection of DNA replication origins based on somatic mutations.
[Aut.]: Roman Jaksik, Marek Kimmel.
W: XXIst Gliwice Scientific Meetings 2017, Gliwice, November 17-18, 2017. [B.m.] : [b.w.], 2017, s. 93

27/102
Nr opisu: 0000121962
HSF1-dependent regulation of lncRNA transcription in response to heat shock.
[Aut.]: Katarzyna Mrowiec, A. Toma-Jonik, J. Korfanty, Roman Jaksik, P. Janus, M. Chadalski, N. Vydra, W. Widlak.
W: XXIst Gliwice Scientific Meetings 2017, Gliwice, November 17-18, 2017. [B.m.] : [b.w.], 2017, s. 123

28/102
Nr opisu: 0000116602
Is cell cycle a perfect fault tolerant control system?. System engineering point of view.
[Aut.]: Andrzej Świerniak, Roman Jaksik, Jarosław Śmieja.
W: Proceedings of the 13th IASTED International Conference on Biomedical Engineering. BioMed 2017, Innsbruck, Austria, 20 February 2017 through 21 February 2017. Eds.: Rita Kiss, Philipp J. Thurner. Anaheim : Acta Press, 2017, s. 108-113, bibliogr. 28 poz.. Punktacja MNiSW 15.000

cykl komórkowy ; naprawa uszkodzeń DNA ; system podatny na błędy ; moduł regulatorowy p53

cell cycle ; DNA damage repair ; fault prone system ; p53 regulatory module

29/102
Nr opisu: 0000115872
Scalability of a genomic data analysis in the BioTest platform.
[Aut.]: Krzysztof Psiuk-Maksymowicz, Dariusz Mrozek, Roman Jaksik, Damian Borys, Krzysztof Fujarewicz, Andrzej Świerniak.
W: Intelligent information and database systems. 9th Asian Conference, ACIIDS 2017, Kanazawa, Japan, April 3-5, 2017. Proceedings. Pt. 2. Eds. Ngoc Thanh Nguyen, Satoshi Tojo, Le Minh Nguyen, Bogdan Trawiński. Cham : Springer International Publishing, 2017, s. 741-752, bibliogr. 21 poz. (Lecture Notes in Computer Science ; vol. 10192 Lecture Notes in Artificial Intelligence ; 0302-9743). Punktacja MNiSW 20.000

bioinformatyka ; skalowalność ; platforma obliczeniowa ; klaster HPC ; workload manager ; analiza danych NGS

bioinformatics ; scalability ; computational platform ; HPC cluster ; workload manager ; NGS data analysis

30/102
Nr opisu: 0000121880
T-cell acute lymphoblastic leukemia from miRNA transcriptome perspective.
[Aut.]: M. Dawidowska, B. Szarzyńska-Zawadzka, Roman Jaksik, M. Drobna, M. Kosmalska, Ł. Sędek, T. Szczepański, M. Witt.
W: XXIst Gliwice Scientific Meetings 2017, Gliwice, November 17-18, 2017. [B.m.] : [b.w.], 2017, s. 41

31/102
Nr opisu: 0000106341
A holistic approach to testing biomedical hypotheses and analysis of biomedical data.
[Aut.]: Krzysztof Psiuk-Maksymowicz, A. Płaczek, Roman Jaksik, Sebastian Student, Damian Borys, Dariusz Mrozek, Krzysztof Fujarewicz, Andrzej Świerniak.
W: Beyond databases, architectures and structures. Advanced technologies for data mining and knowledge discovery. 12th International conference, BDAS 2016, Ustroń, Poland, May 31 - June 3, 2016. Proceedings. Eds. Stanisław Kozielski, Dariusz Mrozek, Paweł Kasprowski, Bożena Małysiak-Mrozek, Daniel Kostrzewa. [B.m.] : Springer, 2016, s. 449-462, bibliogr. 24 poz. (Communications in Computer and Information Science ; vol. 613 1865-0929)

baza danych NoSQL ; hurtownia danych ; Big Data ; ETL ; przetwarzanie danych biomedycznych ; MapReduce

NoSQL database ; data warehouse ; Big Data ; ETL ; biomedical data processing ; MapReduce ; multiversion dynamic-schema

32/102
Nr opisu: 0000115334
Analysis of RNA interference mechanisms after ionizing radiation. Experiment and model.
[Aut.]: Marzena* Dołbniak, Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny, Krzysztof Fujarewicz.
W: 28th European Conference on Operational Research. EURO 2016, Poznań, 3-6 07 2016. Conference handbook. EURO The European Association of Operational Research Society, Polish Operational and Systems Research Society, Poznan University of Technology. , s. 130-131

33/102
Nr opisu: 0000106309
Cell-cycle gene expression analysis using real time PCR in locally advanced squamous-cell head and neck cancer.
[Aut.]: G. Woźniak, R. Herok, Roman Jaksik, M. Misiołek, B. Kolebacz, A. Fiszer-Kierzkowska, K. Miśkiewicz-Orczyk, C. Szymczyk, A. Maciejewski, G. Głowacki, R. Suwiński.
-Adv. Med. Sci. 2016 vol. 61 iss. 2, s. 293-299, bibliogr. 16 poz.. Impact Factor 1.364. Punktacja MNiSW 15.000

geny cyklu komórkowego ; rak głowy ; rak szyi ; PRC

cell cycle genes ; head cancer ; neck cancer ; PCR

34/102
Nr opisu: 0000104515
Gene signature of the post-Chernobyl papillary thyroid cancer.
[Aut.]: D. Handkiewicz-Junak, M. Świerniak, D. Rusinek, M. Oczko-Wojciechowska, G. Dom, C. Maenhaut, K. Unger, V. Detours, T. Bogdanova, G. Thomas, I. Likhtarov, Roman Jaksik, M. Kowalska, E. Chmielnik, M. Jarząb, Andrzej Świerniak, B. Jarząb.
-Eur. J. Nucl. Med. Mol. Imaging 2016 vol. 43 iss. 7, s. 1267-1277, bibliogr. 50 poz.. Impact Factor 7.277. Punktacja MNiSW 45.000

rak brodawkowaty tarczycy ; młodzież ; dzieci ; promieniowanie ; ekspresja genów ; transkryptom

papillary thyroid cancer ; adolescents ; children ; radiation ; gene expression ; transcriptome

35/102
Nr opisu: 0000106556
Integrated system supporting research on environment related cancers.
[Aut.]: Wojciech Bensz, Damian Borys, Krzysztof Fujarewicz, Kinga* Herok, Roman Jaksik, Marcin* Krasucki, Agata* Kurczyk, Kamil Matusik, Dariusz Mrozek, Magdalena* Ochab, Marcin Pacholczyk, Justyna* Pieter, Krzysztof Puszyński, Krzysztof Psiuk-Maksymowicz, Sebastian Student, Andrzej Świerniak, Jarosław Śmieja.
W: Recent developments in intelligent information and database systems. Pt 1. Eds. Dariusz Król, Lech Madeyski, Ngoc Thanh Nguyen. Berlin : Springer International Publishing, 2016, s. 399-409 (Studies in Computational Intelligence ; vol. 642 1860-949X)

nowotwór ; system zintegrowany ; hurtownia danych

cancer ; integrated system ; data warehouses

36/102
Nr opisu: 0000102420
Nucleotide composition based measurement bias in high throughput gene expression studies.
[Aut.]: Roman Jaksik, Wojciech Bensz, Jarosław Śmieja.
W: Man-machine interactions 4. 4th International Conference on Man-Machine Interactions, ICMMI 2015, Kocierz Pass, Poland, October 6-9, 2015. Eds. Aleksandra Gruca, Agnieszka Brachman, Stanisław Kozielski, Tadeusz Czachórski. Berlin : Springer, 2016, s. 205-214, bibliogr. 15 poz. (Advances in Intelligent Systems and Computing ; vol. 391 2194-5357)

mikromacierz ; ekspresja genów ; badania o dużej wydajności

microarray ; gene expression ; high-throughput studies ; microarray probes sequences

37/102
Nr opisu: 0000114185
Platform for remote testing and analyzing of biomedical data.
[Aut.]: Krzysztof Psiuk-Maksymowicz, Damian Borys, Roman Jaksik, Sebastian Student, Dariusz Mrozek, Krzysztof Fujarewicz, Andrzej Świerniak.
W: XXth Gliwice Scientific Meetings 2016, Gliwice, November 18-19, 2016 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2016, s. 18
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2016.pdf [dostęp 2 marca 2017]

38/102
Nr opisu: 0000114240
Stability of reference gene expression in cells exposed to stressing factors.
[Aut.]: E. Marek, Anna Lalik, Roman Jaksik.
W: XXth Gliwice Scientific Meetings 2016, Gliwice, November 18-19, 2016 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2016, s. 107
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2016.pdf [dostęp 3 marca 2017]

39/102
Nr opisu: 0000099239
A model for the effects of ionizing radiation on microRNA-mediated regulation of mRNA levels in cells.
[Aut.]: Marzena* Dołbniak, Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny, Krzysztof Fujarewicz.
W: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2015, Warsaw, Poland, April 12-14, 2015. Book of abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2015, s. 37-38

40/102
Nr opisu: 0000106904
Analiza fenotypu mutatora związanego z polimerazą epsilon.
[Aut.]: Roman Jaksik, Marek Kimmel.
W: Śląskie Spotkania Naukowe. Ustroń, 15-17.05.2015 [online]. Stowarzyszenie na Rzecz Wspierania Badań nad Rakiem. [B.m.] : [b.w.], 2015, (plik pdf) s. 17
Dostępny w Internecie: http://www.biofarma.polsl.pl/images/pliki/II_SlaskieSpotkaniaNaukowe2015v2.pdf [dostęp 22 czerwca 2016]

fenotyp ; mutacja ; polimeraza epsilon

phenotype ; mutation ; polymerase epsilon

41/102
Nr opisu: 0000099297
Cancer - a story on fault propagation in gene-cellular networks.
[Aut.]: Damian Borys, Roman Jaksik, M. Krześlak, Jarosław Śmieja, Andrzej Świerniak.
W: Propagation phenomena in real world networks. Eds. Dariusz Król, Damien Fay, Bogdan Gabryś. Berlin : Springer International Publishing, 2015, s. 225-256, bibliogr. 109 poz. (Intelligent Systems Reference Library ; vol. 85 1868-4394)

42/102
Nr opisu: 0000102377
Cross talk between cytokine and hyperthermia-induced pathways: identification of different subsets of NF-kB-dependent genes regulated by TNFα and heat shock.
[Aut.]: Patryk Janus, Tomasz* Stokowy, Roman Jaksik, K. Szołtysek, L. Handschuh, J. Podkowiński, W. Widlak, Marek Kimmel, P. Widlak.
-Mol. Genet. Genomics 2015 vol. 290 iss. 5, s. 1979-1990, bibliogr. 58 poz.. Impact Factor 2.622. Punktacja MNiSW 25.000

ChIP-seq ; HSF1 ; szok cieplny ; mikromacierz ; NF-kB ; miejsca wiązania czynnika transkrypcji

ChIP-seq ; HSF1 ; heat shock ; microarray ; NF-kB ; transcription factor binding

43/102
Nr opisu: 0000103987
Crosstalk between cytokine and hyperthermia induced pathways: identification of different subsets of NF-κB-dependent genes regulated by TNF-α and heat shock.
[Aut.]: Patryk Janus, T. Stokowy, Roman Jaksik, K. Szoltysek, L. Handschuh, J. Podkowiński, W. Widlak, Marek Kimmel, P. Widlak.
W: XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015, Gliwice, November 20-21, 2015 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2015, (plik pdf) s. 89
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2015.pdf [dostęp 25 stycznia 2016]

44/102
Nr opisu: 0000101688
Microarray experiments and factors which affect their reliability.
[Aut.]: Roman Jaksik, Marta Iwanaszko, Joanna* Rzeszowska-Wolny, Marek Kimmel.
-Biol. Direct 2015 vol. 10, art. no. 46, bibliogr. 103 poz.. Impact Factor 3.016. Punktacja MNiSW 35.000

mikromacierz ; wstępne przetwarzanie danych mikromacierzy ; kontrola jakości ; profilowanie transkryptomu ; odchylenie pomiaru

microarray ; microarray pre-processing ; quality control ; transcriptome profiling ; measurement bias

45/102
Nr opisu: 0000104002
P53 protein-dependent changes in the glycosylation patterns of cancer cells.
[Aut.]: Anna Lalik, Roman Jaksik, Krzysztof Puszyński.
W: XIXth Gliwice Scientific Meetings 2015, Gliwice, November 20-21, 2015 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2015, (plik pdf) s. 105
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2015.pdf [dostęp 25 stycznia 2016]

46/102
Nr opisu: 0000099366
Solvary: a tool for the study of complex intracellular signalling pathways.
[Aut.]: Roman Jaksik, Krzysztof Puszyński.
W: 19th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2015, Warsaw, Poland, April 12-14, 2015. Book of abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2015, s. 97

47/102
Nr opisu: 0000090874
An efficient algorithm for microarray probes re-annotation.
[Aut.]: Paweł Foszner, Aleksandra Helena Gruca, Andrzej Polański, Michał Marczyk, Roman Jaksik, Joanna Polańska.
W: Transactions on computational collective intelligence XIII. Eds: Ngoc-Thanh Nguyen, Hoai An Le Thi. Berlin : Springer, 2014, s. 201-218, bibliogr. 10 poz. (Lecture Notes in Computer Science ; vol. 8342 0302-9743)

re-adnotacja ; mikromacierz ; wyrażenie danych ; Affymetrix ; klasyfikacja

re-annotation ; microarray ; expression data ; Affymetrix ; classification

48/102
Nr opisu: 0000099627
Can Mdm2 regulate the glycosylation pathway in human cancer cells?.
[Aut.]: Anna Lalik, Roman Jaksik.
W: Glyco-T 2014. 9th International Symposium on Glycosyltransferases, Porto, Portugal, 2014.06.18-2014.06.21. Porto : [b.w.], 2014, s. 70

49/102
Nr opisu: 0000099356
Controlling the intracellular processes.
[Aut.]: Krzysztof Puszyński, Roman Jaksik, Anna Lalik.
W: Proceedings of the 19th IFAC World Congress, Cape Town, South Africa, August 24-29, 2014 [online]. Ed. Edward Boje, Xiaohua Xia. Oxford : Elsevier, 2014, (plik pdf) s. 11524-11529, bibliogr. 23 poz. (IFAC Proceedings Volumes ; vol. 47, iss. 3 1474-6670)
Dostępny w Internecie: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1474667016434488 [dostęp 12 października 2016]

50/102
Nr opisu: 0000096483
MicroRNAs and reactive oxygen species: are they in the same regulatory circuit?.
[Aut.]: Roman Jaksik, Anna Lalik, Magdalena Skonieczna, Artur* Cieślar-Pobuda, Sebastian Student, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
-Mutat. Res. - Genet. Toxicol. Environ. Mutagen. 2014 vol. 764-765, s. 64-71, bibliogr. 55 poz.. Impact Factor 2.415. Punktacja MNiSW 30.000

interferencja RNA ; miRNA ; promieniowanie jonizujące ; reaktywne formy tlenu ; mikromacierz ; analiza sekwencji nukleotydów

RNA interference ; miRNA ; ionizing radiation ; reactive oxygen species ; microarray ; nucleotide sequence analysis

51/102
Nr opisu: 0000099622
Prediction of glycosylation changes in irradiated cancer cells using the application GlycoGene.
[Aut.]: Roman Jaksik, Anna Lalik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: 27th International Carbohydrate Symposium, Bangalore, India 2014.01.12-2014.01.17. Bangladore : [b.w.], 2014, s. 197

52/102
Nr opisu: 0000099630
Rola białka p53 w regulacji ekspresji glikozylotransferaz w komórkach nowotworowych HCT116.
[Aut.]: Anna Lalik, Roman Jaksik, Krzysztof Puszyński.
W: Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania. T. 2. Pod red. Andrzeja Świerniaka i Jolanty Krystek. Gliwice : Wydaw. Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego, 2014, s. 165-172, bibliogr. 15 poz.

białko p53 ; komórki nowotworowe ; komórki HCT116 ; glikozylacja

p53 protein ; cancer cells ; HCT116 cells ; glycosidation

53/102
Nr opisu: 0000096749
Sources of high variance between probe signals in affymetrix short oligonucleotide microarrays.
[Aut.]: Roman Jaksik, Michał Marczyk, Joanna Polańska, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
-Sensors 2014 vol. 14 iss. 1, s. 532-548, bibliogr. 27 poz.. Impact Factor 2.245. Punktacja MNiSW 30.000

mikromacierz ; zawartość GC ; CDF ; g-kwadrupleks ; oligo (dT)

microarray ; GC-content ; custom CDF ; g-quadruplex ; oligo(dT)

54/102
Nr opisu: 0000096324
The role of are and MRE based gene regulation in cellular response to ionizing radiation.
[Aut.]: Roman Jaksik, Dorota* Hudy, Krzysztof* Biernacki, Karolina* Gajda, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: XVIIIth Gliwice Scientific Meetings, November 21-22, 2014 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2014, s. 82
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2014.pdf [dostęp 14 kwietnia 2020]

55/102
Nr opisu: 0000128002
Uniwersalny kalibrator dla potrzeb estymacji ilości molekuł transkryptu.
[Aut.]: Arkadiusz Biernacki, Dorota* Hudy, Roman Jaksik, Magdalena Skonieczna.
W: Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania. T. 2. Pod red. Andrzeja Świerniaka i Jolanty Krystek. Gliwice : Wydaw. Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego, 2014, s. 41-49, bibliogr. 9 poz.

modelowanie procesów biologicznych ; PCR ; RT-QPCR ; krzywa kalibracji

modelling of biological processes ; PCR ; RT-QPCR ; calibration curve

56/102
Nr opisu: 0000099623
UVC radiation-induced changes in cell surface glycosylation patterns.
[Aut.]: Anna Lalik, Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: 27th International Carbohydrate Symposium, Bangalore, India 2014.01.12-2014.01.17. Bangladore : [b.w.], 2014, s. 178

57/102
Nr opisu: 0000090353
A mathematical model for prediction of changes in mRNA-miRNA interference after irradiation.
[Aut.]: Danuta* Gaweł, Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny, Krzysztof Fujarewicz.
W: XVIIth Gliwice Scientific Meetings, November 15-16, 2013 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2013, (plik pdf) s. 169
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2013.pdf [dostęp 10 kwietnia 2013]

58/102
Nr opisu: 0000090547
Adaptive filtering of microarray gene expression data based on Gaussian mixture decomposition.
[Aut.]: Michał Marczyk, Roman Jaksik, Andrzej Polański, Joanna Polańska.
-BMC Bioinformatics 2013 vol. 14 art. nr 101, s. 1-12, bibliogr. 24 poz.. Impact Factor 2.672. Punktacja MNiSW 35.000

59/102
Nr opisu: 0000086171
Analiza procesów regulacji ekspresji genów w komórkach poddanych działaniu promieniowania jonizującego. Rozprawa doktorska.
[Aut.]: Roman Jaksik.
Gliwice, 2013, 135 s., bibliogr. 39 poz.
Politechnika Śląska. Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki. Promotor: prof. dr hab. Joanna* Rzeszowska-Wolny

regulacja ekspresji genów ; microRNA ; mikromacierz

regulation of gene expression ; microRNA ; microarray

60/102
Nr opisu: 0000084184
Autophagy, apoptosis, mitoptosis and necrosis: interdependence between those pathways and effects on cancer.
[Aut.]: W. Chaabane, S. D. User, M. El-Gazzah, Roman Jaksik, E. Sajjadi, Joanna* Rzeszowska-Wolny, Marek Łos.
-Arch. Immunol. Ther. Exp. 2013 vol. 61 iss. 1, s. 43-58, bibliogr. 143 poz.. Impact Factor 2.818. Punktacja MNiSW 25.000

AMPK ; Hsp-70 ; Mdm2 ; mitochondrium ; mTOR ; RIPK ; PARP-1 ; PKC-delta ; TNF ; VHL

AMPK ; Hsp-70 ; Mdm2 ; mitochondrion ; mTOR ; RIPK ; PARP-1 ; PKC-delta ; TNF ; VHL

61/102
Nr opisu: 0000090354
GC-content bias in short oligonucleotide microarray studies.
[Aut.]: Roman Jaksik.
W: XVIIth Gliwice Scientific Meetings, November 15-16, 2013 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2013, (plik pdf) s. 170
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2013.pdf [dostęp 10 kwietnia 2013]

62/102
Nr opisu: 0000090167
Involvement of reactive oxygen species and microRNAs in cellular response to oxidative stress.
[Aut.]: Izabella Ślęzak-Prochazka, Karolina* Gajda, Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: XVIIth Gliwice Scientific Meetings, November 15-16, 2013 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2013, (plik pdf) s. 138
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2013.pdf [dostęp 10 kwietnia 2013]

63/102
Nr opisu: 0000090175
MiR-mask as a tool for the regulation of p53-Mdm2 intracellular pathways.
[Aut.]: Anna Lalik, Roman Jaksik, Krzysztof Puszyński.
W: XVIIth Gliwice Scientific Meetings, November 15-16, 2013 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2013, (plik pdf) s. 151
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2013.pdf [dostęp 10 kwietnia 2013]

64/102
Nr opisu: 0000090136
Negative regulation og the NFκB signaling pathway by the heat shock transcription factor 1.
[Aut.]: P. Janus, M. Kalinowska-Herok, K. Szołtysek, Roman Jaksik, L. Handschuh, Marek Kimmel, P. Widlak.
W: XVIIth Gliwice Scientific Meetings, November 15-16, 2013 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2013, (plik pdf) s. 63
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2013.pdf [dostęp 10 kwietnia 2013]

65/102
Nr opisu: 0000085409
Changes of fucosylation induced by Mirna-masking antisense oligonucleotides.
[Aut.]: Anna Lalik, Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: 26th International Carbohydrate Symposium, ICS 2012, Madrid, 22-27.02.2012. [B.m.] : [b.w.], 2012, s. F101

66/102
Nr opisu: 0000097448
Co-regulation of NF-kappaB sygnaling pathway by the active form of Heat Shock Factor 1.
[Aut.]: Patryk Janus, M. Kalinowska-Herok, W. Pigłowski, K. Szołtysek, Roman Jaksik, Krzysztof Puszyński, Marek Kimmel, P. Widlak.
W: 22nd IUBMB & 37th FEBS Congress, Seville, Spain, September 4-9, 2012. Oxford : Wiley-Blackwell Publishing, 2012, s. 163 (FEBS Journal ; vol. 279, suppl. 1 1742-464X)

67/102
Nr opisu: 0000085055
GlycoGene: a tool for the assessment of alterations in glycosylation patterns.
[Aut.]: Roman Jaksik, Anna Lalik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: 8th International Symposium on Glycosyltransferases. GlycoT 2012, Hannover, Germany, 05-09.06.2012. Hannover : [b.w.], 2012, s. B23

68/102
Nr opisu: 0000078303
NucleoSeq 2.0 an enchanted web services client applicable to complex nucleotide sequence analysis tasks.
[Aut.]: Roman Jaksik.
W: XVIth Gliwice Scientific Meetings, November 16-17, 2012 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2012, (plik pdf) s. 53
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2012.pdf [dostęp 21 lutego 2013]

69/102
Nr opisu: 0000078290
Quality assessment of the probes placed on the Affymetrix Mouse430_2 microarray.
[Aut.]: Anna* Cichońska, Roman Jaksik, Joanna Polańska.
W: XVIth Gliwice Scientific Meetings, November 16-17, 2012 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2012, (plik pdf) s. 49
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2012.pdf [dostęp 21 lutego 2013]

70/102
Nr opisu: 0000082965
Regulation of p53 by siRNA in radiation treated cells - simulation studies.
[Aut.]: Krzysztof Puszyński, Roman Jaksik, Andrzej Świerniak.
-Int. J. Appl. Math. Comput. Sci. 2012 vol. 22 no. 4, s. 1011-1018, bibliogr. 26 poz.. Impact Factor 1.008. Punktacja MNiSW 20.000

siRNA ; p53 ; terapia skojarzona

siRNA ; p53 ; combined therapy

71/102
Nr opisu: 0000078344
Regulation of P53 signaling pathway in malignant cells based on RNA interference.
[Aut.]: Krzysztof Puszyński, Roman Jaksik, Andrzej Świerniak.
W: XVIth Gliwice Scientific Meetings, November 16-17, 2012 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2012, (plik pdf) s. 58
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2012.pdf [dostęp 21 lutego 2013]

72/102
Nr opisu: 0000071051
The distribution of GC nucleotides and regulatory sequence motifs in genes and their adjacent sequences.
[Aut.]: Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
-Gene 2012 vol. 492 iss. 2, s. 375-381, bibliogr.. Impact Factor 2.196. Punktacja MNiSW 25.000

analiza sekwencji ; ARE ; sekwencja kodująca ; 3'-UTRs

sequence analysis ; ARE ; coding sequence ; 3'-UTRs

73/102
Nr opisu: 0000078430
The influence of heat shock factor 1 on the NF-κB signalling pathway.
[Aut.]: P. Janus, M. Kalinowska-Herok, K. Szołtysek, Roman Jaksik, Marek Kimmel, P. Widłak.
W: XVIth Gliwice Scientific Meetings, November 16-17, 2012 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2012, (plik pdf) s. 77
Dostępny w Internecie: http://www.bioinformatics.aei.polsl.pl/gsn/GSN_2012.pdf [dostęp 21 lutego 2013]

74/102
Nr opisu: 0000084039
The role of RNA interference-based regulation of gene expression in cancer cells exposed to ionizing radiation.
[Aut.]: Roman Jaksik, Anna Lalik, Sebastian Student, Andrzej Świerniak, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
-Eur. J. Cancer 2012 vol. 48 suppl. 5, s. S160-S161
Referat wygłoszony na: 22nd Biennial Congress of the European Association for Cancer Research. Impact Factor 5.061. Punktacja MNiSW 35.000

75/102
Nr opisu: 0000071398
A bioinformatics tool for the prediction of changes in glycosylation of cells after exposure to various stress conditions.
[Aut.]: Anna Lalik, Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: XXI International Symposium on Glycoconjugates. GLYCO 21, Vienna, Austria, August 21-26, 2011. Abstracts. Berlin : Springer, 2011, s. 336-337 (Glycoconjugate Journal ; vol. 28, nr 5 0282-0080)

76/102
Nr opisu: 0000071872
Cell cycle gene expression analysis in head and neck cancer suggests the existence of patients subpopulations with different molecular profiles.
[Aut.]: R. Herok, M. Śnietura, W. Pigłowski, Roman Jaksik, A. Fiszer-Kierzkowska, E. Małusecka, G. Woźniak, M. Misiołek, B. Kolebach, A. Maciejewski, C. Szymczyk, R. Suwiński.
W: V Zjazd Polskiego Towarzystwa Radioterapii Onkologicznej, Gliwice, 17-18 maja 2011 r.. Jaworze Górne : Wydaw. Kwieciński, 2011, s. 64-65 (Onkologia Info ; t. 8, nr 2 1895-0485)

77/102
Nr opisu: 0000083096
Computational model of siRNA regulation in p53 signaling pathway.
[Aut.]: Krzysztof Puszyński, Roman Jaksik.
W: Proceedings of the XVII National Conference Applications of Mathematics to Biology and Medicine, Zakopane, September 1-6, 2011. Warszawa : University of Warsaw. Institute of Applied Mathematics and Mechanics. Department of Mathematics, 2011, s. 85-91, bibliogr. 21 poz.

78/102
Nr opisu: 0000071928
Discriminative gene selection in low dose radiotherapy microarray data for radiosensitivity profile search.
[Aut.]: Michał Marczyk, Roman Jaksik, Joanna Polańska, Andrzej Polański.
W: Book of Abstracts of the 8-th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, and Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology, Kraków, June 28 - July 2, 2011. [B.m.] : [b.w.], 2011, s. 632-633

79/102
Nr opisu: 0000071577
Efficient algorithm for microarray probes re-annotation.
[Aut.]: Paweł Foszner, Aleksandra Helena Gruca, Andrzej Polański, Michał Marczyk, Roman Jaksik, Joanna Polańska.
W: Computational collective intelligence. Technologies and applications. ICCCI 2011. Third international conference, Gdynia, Poland, September 21-23, 2011. Proceedings. Pt 2. Eds: P. Jędrzejewicz, N.T. Nguyen, K. Hoang. Berlin : Springer, 2011, s. 281-289, bibliogr. 10 poz. (Lecture Notes in Computer Science ; vol. 6923 Lecture Notes in Artificial Intelligence ; 0302-9743)

readnotacja ; mikromacierz ; Affymetrix ; klasyfikacja ; poziom ekspresji genów

re-annotation ; microarray ; Affymetrix ; classification ; gene expression data

80/102
Nr opisu: 0000071842
Efficient reannotation system for verifying genomic targets of DNA microarray probes.
[Aut.]: Paweł Foszner, Roman Jaksik, Aleksandra Helena Gruca, Joanna Polańska, Andrzej Polański.
W: Abstracts of section talks at the 8-th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, and Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology, Kraków, June 28 - July 2, 2011. [B.m.] : [b.w.], 2011, s. 26-27

81/102
Nr opisu: 0000071874
MicroImage as a tool for microarray image artifacts correction.
[Aut.]: Roman Jaksik, Michał Marczyk, Joanna Polańska.
W: Abstracts of posters presented at the 8-th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, and Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology, Kraków, June 28 - July 2, 2011. [B.m.] : [b.w.], 2011, s. 450-451

82/102
Nr opisu: 0000081224
Model prostego sterowania ścieżką sygnałową p53 przy użyciu siRNA.
[Aut.]: Krzysztof Puszyński, Roman Jaksik.
W: Biocybernetyka i inżynieria biomedyczna. XVII Krajowa konferencja, Gliwice/Tarnowskie Góry, 11-14 października 2011. Red. Wojciech Filipowski, Paweł Kostka. [B.m.] : [b.w.], 2011, s. 36
Pełny tekst na CD-ROM

radioterapia ; siRNA ; ścieżka sygnału p53

radiotherapy ; siRNA ; p53 signal path

83/102
Nr opisu: 0000071875
The journey towards understanding the compositional properties of vertebrate genomes.
[Aut.]: Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: 15th Gliwice Scientific Meetings, November 18-19, 2011 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2011, (plik pdf) s. 63
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2011.pdf [dostęp 19 grudnia 2014]

84/102
Nr opisu: 0000070202
A system for low level preprocessing of DNA microarray dat.
[Aut.]: Joanna Polańska, Michał Marczyk, Roman Jaksik.
W: 8th PTBi Workshop on Bioinformatics, Ustroń, October 1-3, 2010. [B.m.] : [b.w.], 2010, s. 9

85/102
Nr opisu: 0000063482
Bystander effects induced by medium from irradiated cells: similar transcriptome responses in irradiated and bystander K562 cells.
[Aut.]: R. Herok, M. Konopacka, Joanna Polańska, Andrzej Świerniak, J. Rogoliński, Roman Jaksik, R. Hancock, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
-Int. J. Radiat. Oncol. Biol. Phys. 2010 vol. 77 iss. 1, s. 244-252, bibiogr. 54 poz.. Impact Factor 4.503

efekt przechodnia ; promieniowanie jonizujące ; mikromacierz

bystander effect ; ionizing radiation ; microarray

86/102
Nr opisu: 0000062963
Data mining in molecular biology: a journey from raw datasets to biologically meaningful conclusions.
[Aut.]: Roman Jaksik.
W: XII International PhD Workshop. OWD 2010, [Wisła, 23-26 October 2010]. Polish Society of Theoretical and Applied Electrotechnics [et al.]. [Gliwice] : Organizing Committe of the Symposium PPEE & Seminar BSE, 2010, s. 265-270, bibliogr. 17 poz. (Conference Archives PTETiS ; vol. 28)

87/102
Nr opisu: 0000070199
Discovery of genetic markers In patients over-responsive to low dose radiotherapy.
[Aut.]: Michał Marczyk, Roman Jaksik, Joanna Polańska, Andrzej Polański.
W: 8th PTBi Workshop on Bioinformatics, Ustroń, October 1-3, 2010. [B.m.] : [b.w.], 2010, s. 15

88/102
Nr opisu: 0000068975
Gene selection problem in identification of patients over-responsive to low dose radiotherapy.
[Aut.]: Michał Marczyk, Roman Jaksik, Joanna Polańska, Andrzej Polański.
W: XIVth Gliwice Scientific Meetings 2010, Gliwice, 26-27.11.2010 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2010, (plik pdf) s. 72
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2010.pdf [dostęp 19 grudnia 2014]

89/102
Nr opisu: 0000068439
Oxidative RNA damage and its potential role in cellular responses to radiation.
[Aut.]: Magdalena Skonieczna, Sebastian Student, Artur* Cieślar-Pobuda, R. Herok, Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: Abstracts of the 45th Meeting of the Polish Biochemical Society, Wisła, Poland, September 20th - 23rd, 2010. Warszawa : [b.w.], 2010, s. 131 (Acta Biochimica Polonica ; vol. 57, suppl. 4 0001-527X)

RNA ; radioterapia ; leczenie nowotworów

RNA ; radiotherapy ; cancer therapy

90/102
Nr opisu: 0000063654
Position weight matrix model as a tool for the study of regulatory elements distribution across the DNA sequence.
[Aut.]: Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
-Arch. Control Sci. 2010 vol. 20 no. 4, s. 491-501, bibliogr. 33 poz.

czynnik transkrypcyjny ; TFBS ; regulacja ekspresji genów ; sekwencja regulacyjna ; DNA ; PWM

ranscription factor ; TFBS ; regulation of gene expression ; regulatory sequence ; DNA ; PWM

91/102
Nr opisu: 0000070166
Prediction of glycans synthesised in exposed to ionizing radiation.
[Aut.]: Roman Jaksik, Anna Lalik, A. Michalski, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania. T. 2. Pod red. Andrzeja Świerniaka i Jolanty Krystek. Gliwice : Wydaw. Pracowni Komputerowej Jacka Skalmierskiego, 2010, s. 73-80, bibliogr. 10 poz.

struktura cukrów ; ekspresja genów ; glikan

sugars structure ; gene expression ; glycan

92/102
Nr opisu: 0000070177
Prediction of regulatory elements in DNA using position weight matrix models.
[Aut.]: Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: Proceedings of the Sixteen National Conference on Application of Mathematics in Biology and Medicine, Krynica, 14-18 September 2010. Eds: M. Ziółko, M. Bodnar, E. Kutafina. Kraków : AGH University of Science and Technology Press, 2010, s. 53-58

93/102
Nr opisu: 0000068972
Regulation of gene expression by nucleic acid binding factors evolved by gain or loss of binding sites.
[Aut.]: Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: Structural and functional diversity of the Eukaryotic genome. International workshop, Brno, Czech Republic, October 14-16, 2010. Book of abstracts. Ed. by T. Bettecken, J. Fajkus, E. N. Trifonov. [B.m.] : [b.w.], 2010, s. 53

analiza genomu ; bioinformatyka ; NucleoSeq

genome analysis ; bioinformatics ; NucleoSeq

94/102
Nr opisu: 0000068413
Transcripts from genes located in different isochores are differently regulated in cells exposed to ionizing radiation.
[Aut.]: Roman Jaksik, Andrzej Świerniak, J. Jurka, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
-Eur. J. Cancer Suppl. 2010 vol. 8 iss. 5, s. 212
Zawiera materiały z: 1st Meeting of the European Association for Cancer Research Oslo, Norway

95/102
Nr opisu: 0000049972
Calculation of reliable transcript levels of annotated genes on the basis of multiple probe-sets in Affymetrix microarrays.
[Aut.]: Roman Jaksik, Joanna Polańska, R. Herok, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
-Acta Biochim. Pol. 2009 vol. 56 no. 2, s. 271-277, bibliogr.. Impact Factor 1.262

transkrypcja ; mikromacierz ; Affymetrix ; wykrywanie próbek odstających ; program komputerowy NucleoDix

transcription ; microarray ; Affymetrix ; outlier detection ; NucleoDix computer program

96/102
Nr opisu: 0000058913
Can blood cells be important in bystander effects?. Bystander effects in lymphoblastoid cells.
[Aut.]: Joanna* Rzeszowska, J. Łanuszewska, A. Gdowicz, Magdalena Skonieczna, Roman Jaksik.
W: XIIIth Gliwice Scientific Meetings 2009, Gliwice, November 20-21, 2009 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2009, (plik pdf) s. 49
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2009.pdf [dostęp 22 grudnia 2014]

97/102
Nr opisu: 0000054878
Regulation of gene expression in cells exposed to ionizing radiation.
[Aut.]: Roman Jaksik, Ł. Habowski, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: XI International PhD Workshop = XI Międzynarodowe Warsztaty Doktoranckie. OWD 2009, [Wisła, 17-20 October 2009]. Polish Society of Theoretical and Applied Electrotechnics [et al.]. [Gliwice] : Organizing Committe of the Symposium PPEE & Seminar BSE, 2009, s. 164-169, bibliogr. 44 poz. (Archiwum Konferencji PTETiS ; vol. 26)
Toż na CD-ROM

98/102
Nr opisu: 0000058625
The elements of the systemic cellular response to stress. The regulation of transcript levels in cells exposed to ionizing radiation.
[Aut.]: Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: The Wilhelm Bernhard Workshop. 21st International Workshop on the Cell Nucleus, Ustroń, Poland 31 August - 4 September 2009. Program and abstracts. [B.m.] : [b.w.], 2009, s. 61

99/102
Nr opisu: 0000058921
Using the NucleoSeq computer application to study the 3' non-coding nucleotide sequences of mRNAs coding for proteins that stimulate or inhibit apoptosis.
[Aut.]: Roman Jaksik, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: Abstracts of the 44th Meeting of the Polish Biochemical Society, Łódź, Poland, September 16th - 19th, 2009. Warszawa : [b.w.], 2009, s. 35 (Acta Biochimica Polonica ; vol. 56, suppl. 3 0001-527X)

100/102
Nr opisu: 0000048820
Estymacja poziomu szumu w eksperymentach z udziałem mikromacierzy Affymetrix.
[Aut.]: Roman Jaksik, Joanna Polańska, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: X International PhD Workshop = X Międzynarodowe Warsztaty Doktoranckie. OWD 2008, [Wisła, 18-21 October 2008]. Polish Society of Theoretical and Applied Electrotechnics [et al.]. [Gliwice] : Organizing Committe of the Symposium PPEE & Seminar BSE, 2008, s. 85-90, bibliogr. 4 poz. (Archiwum Konferencji PTETiS ; vol. 25)
Toż na CD-ROM

mikromacierz ; Affymetrix ; analiza genu

microarray ; Affymetrix ; gene analysis

101/102
Nr opisu: 0000049996
The 3' non-coding nucleotide sequence influences RNA stability in irradiated cells.
[Aut.]: Roman Jaksik, Joanna Polańska, Joanna* Rzeszowska-Wolny.
W: Abstracts of the Congress of Biochemistry and Cell Biology. 43rd Meeting of the Polish Biochemical Society and 10th Conference of Polish Cell Biology Society, Olsztyn, Poland, September 7th-11st, 2008. Warszawa : [b.w.], 2008, s. 316 (Acta Biochimica Polonica ; vol. 55, suppl. 3 0001-527X)

mRNA ; radioterapia ; destabilizacja

mRNA ; radiotherapy ; destabilization

102/102
Nr opisu: 0000050901
Transcription profile change after irradiation or in bystander cells.
[Aut.]: Joanna* Rzeszowska-Wolny, R. Herok, Roman Jaksik, Joanna Polańska, Maria** Wideł.
W: XIIth Gliwice Scientific Meetings 2008, Gliwice, November 21-22, 2008 [online]. [B.m.] : [b.w.], 2008, (plik pdf) s. 32
Dostępny w Internecie: http://gsn.io.gliwice.pl/materials/GSN_2008.pdf [dostęp 22 grudnia 2014]

stosując format: